بررسی، تحلیل و مقایسه ی انواع روشهای فشرده سازی رشته ی DNA

مریم رفیعا; مهدی یعقوبی

بررسی، تحلیل و مقایسه ی انواع روشهای فشرده سازی رشته ی DNA

محل انتشار: دومین کنگره بین المللی فن آوری، ارتباطات و دانشICTCK۲۰۱۵

سال انتشار: 1394

نوع سند: مقاله کنفرانسی

زبان: فارسی

مشاهده: 762

فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

دریافت فایل کامل مقاله

صدور گواهی نمایه سازی
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

https://civilica.com/doc/517566

شناسه ملی سند علمی:

ICTCK02_119

تاریخ نمایه سازی: 8 آبان 1395

چکیده مقاله:

مولکول DNA بزرگترین ساختار مولکولی جهان است که حاوی اطلاعات وراثتی موجودات زنده میباشد.امروزه با رشد سیستم های کامپیوتری و توانایی مدلسازی و تشخصی بیماریها به کمک استخراج الگوهای مناسب از روی ژنها و یا DNA، باعث شده که روز به روز به داده های DNA موجود در پایگاه داده های ژن افزوده شود و در نتیجه ذخیره سازی، مدیریت و تجزیه و تحلیل آنها را به یک مشکل اقتصادی و چالش مهم علمی تبدیل شده است. یک راه مقابله با این مشکل فشرده سازی رشته های DNA می باشد که باعث کاهش هزینه های ذخیره سازی، پردازش و انتقال داده ها می شود. بدین دلیل فشرده سازی رشته ی DNA توجه زیادی را به خود جلب کرده است و باعث شده تا الگوریتم های مختلفی برای فشرده سازی DNA ارائه شود. در این مقاله سعی شده تا الگوریتم های مختلف ارائه شده برای فشرده سازی DNA ارائه شود. در این مقاله سعی شده تا الگوریتمهای مختلف ارائه شده برای فشرده سازی DNA در شش روش کلی دسته بندی شود. هر روش شرح داده میشود سپس مزایا و معایب آن روش بیان می شود و الگوریتم های مهم موجود در هر دسته مورد بررسی قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

رشته ی DNA ، روش ترکیبی ، فشرده سازی بی اتلاف ، کتاب رمز

نویسندگان

مریم رفیعا

گروه هوش مصنوعی، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران

مهدی یعقوبی

گروه هوش مصنوعی، واحد مشهد، دانشگاه آزاد اسلامی، مشهد، ایران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :

M. Amos, G. Paun, G. Rozenberg and A. Salomaa, "Topics ...
D.A. Bgenson, M. Cavanaugh, K. Clark, I. Kars ch-Mizrachi, D.J. ...
Y. Kodama, M. Shumway and R. Leinonen, "The sequence read ...
R. Iancarlo, D. Scaturro and F. Utro, "Textual data compression ...
"Compression of FASTQ and SAM format sequencing data, " PLoS ...
V. Marx, "Biology: The big challenges of big data, " ...
C. Wang, K. Xia, H. Yu and A. Wang, "Big ...
_ Stern, L. Allison, R.L. Coppel, and T.I. Dix, plasmodium ...
falciparum genomic DNA, " Molecular & Biochemical Parasitology, pp. 175-186, ...
M. Li, J.H. Badger, X. Chen, S. Kwong, P. Kearney, ...
X. Chen, S. Kwong, and M. Li, "A compression algorithm ...
D.R. Powell, L. Allison, and T.I. Dix, non-random Artificial ...
Intelligence, pp. 203-214, 2004. ...
J.K. Lanctot, M. Li and E. Yang, "Estimating _ sequence ...
Algorithms (SODA 00), pp. 409-418, 2000. ...
L. Allison, L. Stern, T. Edgoose, and T.I. Dix, "Sequence ...
C. Bennet, M. Li, and B. Ma, "Chain letters and ...
A. Milosavjevic, "Discovering by minimal length encoding: A case study ...
S.D. Kahn, "On the future of genomic data, " Science, ...
R. Giancarlo, D. Scaturro and F. Utro, "Textual data compression ...
O.U. Nalbantoglu, D.J. Russell and K Sayood, "Data compression concepts ...
G. Manzini, and M. Rastero, "A Simple and Fast DNA ...
T. Matsumoto, K. Sadakane, H. Imai and et al, "Can ...
Computational Molecular Biology, Universal Academy Press, pp. 76-77, 2000. and ...
compression using adaptive coding and partial string matching, " IEEE ...
M. Matsumoto, K. Sadakane and H. Imai, compression ...
algorithms, " journal of Genome Informatics, 11, pp. 43-52, 2000. ...
B. Behzadi and F Fessant, "DNA Compression Dynamic ...
Programming Approach, " Lecture Notes in Computer Science, Island, Korea: ...
N. Cherniavsky and R. Ladner, "Grammar- based Compression of DNA ...
presented at the DIMACS Working Group, 2004. ...
C.G. Nevi I-Manning and and ...
hierarchical grammars, " Comput. J., 40, pp. 103-116, 1997. ...
N. Bark and A Sharawi, "DNA Lossless Compression Algorithms: Review, ...
"Compressive biological sequence analysis and archival in the era of ...
S. Wandelt, M. Bux and U1. Leser, "Trends in Genome ...
R. Giancarlo, S.E. Romb and F. Utr, "Compressive biological sequence ...
"Significantly lower entropy estimates for natural DNA sequences, " Computational ...
L. Allison, T. Edgoose and T.I. Dix, "Compression of strings ...
M.D. Cao, T.I. Dix, L. Allison and , Mears, "A ...
M.D. Cao, T.I. Dix, L. Allison and , Mears, "A ...
V. Makinen, G. Navarro, J. Siren and N. Valimaki, "Storage ...
S. Kuruppu, B. B eresford- Smith, T. Conway and J. ...
S. Grabowski and S. Deorowicz, "Engineering relative compression of genomes, ...
S. Deorowicz and S. Grabowsk, "Robust relative compression of genomes ...
N.F. Law and K.O. Cheng, "A Survey of Similarities ...
Matching in, " Adv Robot Autom, 2014. ...
M.C. Brandon, D.C. Wallace and P. Baldi, "Data structures and ...
Bio informatics;25, pp. 1731-1738, 2009. ...
K. Daily, P. Rigor, S. Christley and et al, "Data ...
S. Grumbach and F. Tahi, "Compression of _ Sequences, " ...
S. Wandelt and U. Leser, "Adaptive efficient compression of genomes, ...
E. Rivals, M. Dauchet, J.P. Delahaye and et al, "Fast ...
International Conference on Acoustics, Speech and Signal Processing (ICASSP), pp. ...
H. Huo, L. Chen, J.S. Vitter and Y. Nekrich, "A ...
N. Sebastio, P. Flores and N .Roma, "Optimized ASIP architecture ...
G. Navaro and L.M.S. Russo, "Fast Fully- Compressed Suffix Trees, ...
A.J. Pinho, D. Pratas and P.J.S.G Ferreira, 22 Information Profiles ...
X. Chen, M. Li, B. Ma and et al, _ ...
(12), pp. 1696-1698, 2002. ...
B. Ma, J. Tromp and M. Li, "Pattern Hunter: faster ...
B. Ma, J. Tromp and M. Li, 2 P atternHunter- ...
S. Grumbach and F. Tahi, "A new challenge for compression ...
X. Chen, S. Kwong and M. Li, "A compression algorithm ...
M. Li, B. Ma, J. Tromp and X. Chen, _ ...
D.M. Boulton and C.S. Wallace, "The multistate Theoretical ...
Biology, 23(2), pp. 269-278, 196. ...
A. Apostolico and S. Lonardi, "Compression of biological sequences by ...
A. Apostolico and S. Lonardi, "Off-Line Compression by Greedy Textual ...
F.M.J. Willems, Y.M. Shtarkov and T.J. weighting ...
method:Basic properties, " IEEE Transaction. Info. Theory, pp. 653-664, 1995. ...
A. Mahmood, N. Islam, D. Nigatu and W. Henkel, "DNA ...
International Symposium on Turbo Codes and Iterative Information Processing (ISTC), ...
D. Pratas and A.J. Pinho, "Exploring deep Markov models in ...
Conference (EUSIPCO), pp. 2395 - 2399, 2014. ...
L.M.O. Matos, A.J.R. Neves and A.J. Pinho, "Compression of microarray ...
I. Tabus, G. Korodi and J Rissanen, :DNA sequence compression ...
S.P. Arokiaraj and L. Robert, "Parallelized Pattern Recognition Based _ ...

نمایش کامل مراجع