بررسی روابط بین زیرگونه Mus با استفاده از توالی D-loop ناحیه ژنوم میتوکندریایی mtDNA

در این بررسی از 1330 توالی D-loop استفاده شد. که از بانک ژن NCBI استخراج شد. این توالی ها مربوط به سه زیر گونه از موش خانگی هستند . این کمپلکس شامل سه زیر گونه (216 توالی D-loop مربوط به زیر گونه M.m.musculus و 820 توالی D-loop مربوط به زیر گونه M.m.domesticus و 304 توای مربوط به زیرگونه M.m.castaneus می باشد) سپس توالی های نوکلئوتیدی هر زیر گونه توسط نرم افزار های Mega6 و Arlequin و dnaSP انالیز شدند. همچنین فرکانس هر یک از نوکلئوتید ها ، میزان تغییرات پورین ها، میزان تغییرات پیریمیدین ها محاسبه شد. همچنین با استفاده از نرم افزار مگا مدل تکاملی مناسب انتخاب گردید و درخت فیلوژنتیکی مناسب نیز رسم گردید. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیک فلوژنی و فیلوژئوگرافی گونه Mus با استفاده از ژنوم میتوکندری (mtDNA) می باشد. همچنین در بانک ژنی NCBI تعدادی از توالی ها مربوط به یک زیر گونه اند در حالی که طبق بررسی ها و انالیز های انجام شده این توالی ها مربوط به یک زیر گونه دیگر است.این بررسی زیر گونه M.m.musculus را به عنوان زیر گونه اجدادی به ما معرفی می کند و دو زیرگونه دیگر نیز از این زیر گونه اشتقاق یافته اند.

کلیدواژه ها:

، M.m.castaneus ، M.m.musculus ، mtDNA ، D-loopM.m.domesticus