مطالعات بیوانفورماتیکی طراحی پرایمر جهت بررسی rs3129878 و rs7192 به روش PLFR و ARMS

زمینه و هدف: مجموعه ژنی HLA در انسان روی بازوی کوتاه کروموزوم شماره 6 در ناحیه 6p21.1 تا 6p21.3 واقع شده است. ژن های اینمجموعه به سه گروه تقسیم می شوند. ژن های HLA کلاس I در ناحیه تلومری، کلاس II در ناحیه سانترومری و کلاس III بین این دو ناحیهواقع شده اند. بیماری های مختلفی که اکثر آن ها اتو ایمیون هستند با ژن های این مجموعه همراه می باشد. از مهم ترین این ژن ها که ممکناست در کنترل اسپرماتوژنز نقش داشته باشند، ژن های واقع شده در ناحیه HLA کلاس II هستندکه از آن جمله می توان به HLA-DRAاشاره کرد. مطالعات انجام شده در چین و ژاپن همراهی پلی مورفیسم rs3129878 دراینترون 1 ژن HLA-DRA و rs7192 در اگزون 1 ژنHLA-DRA را با ناباروری مردان نشان داده است.مواد و روش ها: با استفاده از موتور های جستجوگر و پایگاه NCBI ، نرم افزار oligo7 و primer I پرایمرهای مناسب به منظور بررسی پلیمورفیسم rs3129878 (A/C) به روش RFLP طراحی گردید و به کمک پایگاه SGD ، محل برش GATC که به وسیله آنزیم محدودالاثرMBOI شناسایی می شود، مشخص گردید. همچنین پرایمرهای مناسب به منظور بررسی پلی مورفیسم rs7192 (G/T) به روش ARMS بهگونه ای طراحی شد که دو آلل قابل شناسایی باشند وکیفیت پرایمر های طراحی شده توسط primer blast ارزیابی گردید تا شرایط ایجادباندهای غیر اختصاصی فراهم نباشد. نتایج:rs3129878:TAAATCCTGTCGGTATATATTGAGC -3/ 25 mer /5 ؛FTGAGAGATTTTAATGTTTGACTGTG -3/ 25 mer /5؛ Rrs7192:FO: 5/ - GAACCCTACATTTGATTCTGAGTG -3/ 24merRIA: 5/ - CTGCATTGCTTTTGCGTAA -3/ 19merRIC: 5/ - CTGCATTGCTTTTGCGTAC -3/ 19mer

کلیدواژه ها:

ژن HLA-DRA ، rs پلی مورفیسم rs3129878 و rs7192 طراحی پرایمر ، RFLP ARMS