برای مسئله استنباط هاپلوتایپ با دیدگاه صرفهجویی freeCollhaps الگوریتم هیوریستیک کامل

هاپلوتایپ مجموعهای از چندشکلیهای تک نوکلئوتیدی (اسنیپها)، و اسنیپ از معمولترین تغییرات ساختاری میباشد. با توجه به این که برخی از بیماری های ژنتیکی ناشی از تغییرات در ساختار ژنوم است، بررسی هاپلوتایپ مورد توجهبسیاری از محققین قرار گرفته است. اما بدلیل محدودیتهایی که در بدست آوردن هاپلوتایپها وجود دارد، از دادههای ژنوتایپ استفاده میشود. لذا بدست آوردن یک مجموعه هاپلوتایپ از روی ژنوتایپها را استنباط هاپلوتایپ میگویند. اگر بدنبال یافتنسخت می - NP کمترین تعداد هاپلوتایپ باشیم شرایط صرفهجویی کامل را فراهم آوردهایم، که اثبات شده است این یک مسئله freeCollhaps می باشد. الگوریتم Collhaps باشد. در حال حاضر سریعترین الگوریتم هیوریستیک برای این مسئله، الگوریتم بوده با این تفاوت که معیار فاصله هاپلوتایپها بهبود داده شده است. نتایج حاصل از آزمایشهای صورت Collhaps مشابه الگوریتم گرفته نشان میدهد که این روش کارایی نسبتا مناسبی دارد.

کلیدواژه ها:

سخت ، صرفهجویی کامل ، هیوریستیک. - NP ، استنباط هاپلوتایپ