بهینه سازی استخراج DNAاز خاک و رسوبات محیطی

شخیص مستقل از کشت میکرو ارگانیسم ها اهمیت ویژه ای در تحقیقات اکولوژی میکروبی دارد. زی را روشهای متکی به کشت میکرو ارگانیسم ها در محیط آزمایشگاهی باعث ایجاد خطاهایی در تشخیص میکروبها می گردد . در ای ن پژوهش جهت بررسی حضور باکتری های تجزیه کننده فنل در خاک های آلوده و خاک های غیرآلوده به فنل، استخراج مستقیمDNAاز خاک با دو روش که به نام های روشYeast و همکاران و روش Zhouو همکاران انجام شد. از طرفی جهت بررسی ژن فنل ه ی درو کس یلاز در خاک واکنش PCRبا یک جفت پرایمر بر اساس ژن فنل هیدرو کسیلاز از DNAاستخراج شده از خاک انجام شد . نتا یج حاکی از آن بود که روش Yeastجهت استخراج DNAدارای کارایی کمی است، زیرا از یک طرف مقدار ز ی ادی از نمونه جهت آنالیز می خواهد و از طرفی از لیز فیزیکی استفاده می کند. ولی روش Zhouروش مناسبی برای استخراجDNA می باشد، چون از یک طرف مقدار کمی از نمونه را مورد آنالیز قرار می دهد و همچنین بدلیل استفاده از لیز شیمیایی به جای لیز فیزیکی میزان قطعه قطعه شدن درDNAرا به حداقل می رساند. اما نتایج حاصل از شمارش باکتریای های تجزیه کننده فنل نشان داد که تعداد باکتریای های تجزیه کننده فنل در خاک آلوده بیشتر از خاک غیر آلوده به فنل است. در صورت بکارگیری روشهای استخراج مستقیم DNA از خاک و رسوبات محیطی می توان جمعیت بالایی از میکرو ارگانیسم ها را بدون کشت مورد آزمایش قرار داد.

کلیدواژه ها:

فنل ، واکنش زنجیره ای پلیمراز ، (PCR)تشخیص مستقل از کشت ، استخراجDNA