بررسی بیوانفورماتیکی ناحیه پروموتر ایزوفرمهای مختلف ژن NHXدر آرابیدوپسیس و برنج

سال انتشار: 1390
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 615

فایل این مقاله در 7 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

این مقاله در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

NBCI07_0481

تاریخ نمایه سازی: 29 شهریور 1394

چکیده مقاله:

آنتی پورترهای Na+/H+ذخیره سدیم به درون واکویل و خروج سدیم از سلول را سبب میشوند، که دو فرایند عمده در کاهش غلظت سمی سدیم در سیتوپلاسم و تنظیم اسمزی سلول میباشند که برای تحمل به تنش شوری ضروریاند. در موجودات مختلف ایزوفرمهای متفاوتی از آنتی پورترهای Na+/H+گزارش شده است. حضور ایزوفرمهای مختلف آنتی پورترهای Na+/H+در سلولهای حیوانی با الگوی ویژه بیان اندامک-اختصاصی و بافت-اختصاصی و قرارگیری درون سلولی آنها ارتباط دارد. با این وجود چندگانگی ایزوفرمهای آنتی پورترهایNa+/H+ در گیاهان اخیراٌ موضوع تحقیقات شده است. در این مطالعه پروموتور 8 ایزوفرم مختلف آنتی پورترNa+/H+در آرابیدوپسیس و 4 ایزوفرم مختلف در برنج با استفاده از سایت Plant Care آنالیز شدند و عناصر تنظیمی موجود در پروموتر ایزوفرمهای مختلف با یکدیگر مقایسه شدند. همچنین الگوی بیان این ایزوفرمها در گیاه با استفاده از دادههای میکرواری درGenevestigatorبررسی شدند. نتایج آنالیز پروموتور نشان داد که تعداد متنوعی عناصر تنظیمی با نقشهای متفاوت در پروموتر ژنهایNHX وجود دارد که بیان کننده دخیل بودن این ژنها در مسیرهای مختلف فیزیولوژیک در گیاه میباشد. بررسیپروموتر نشان داد که ایزوفرمAtNHX5 فاقد عنصر تنظیمیABREمیباشد که نقش این عنصر تنظیمی در پاسخ بهABA میباشد. در تمام ایزوفرمهای موجود در آرابیدوپسیس، بیان ژن در مراحل انتهایی رشد نسبت به مراحل ابتدایی افزایش یافت. جالب این بود که ژنAtNHX1 در تمام مراحل رشدی نسبت به دیگر همولوگها بیشتر بیان شد و همراه با رشد گیاه بیان این ژن نیز افزایش یافت تا اینکه در مرحله غلاف بالغ بیشترین بیان را نشان داد. بررسی بیان ژن تحت شرایط مختلف نشان داد کهAtNHX3در حضورABAبیانش افزایش مییابد در حالیکه بیان ژنAtNHX4 کاهش یافت. بیان ژنAtNHX2 در پاسخ بهگرما افزایش یافت در حالیکه بیانAtNHX4 هم در پاسخ به گرما و هم شوری، کاهش یافت. در تنش اکسیداتیو ژنAtNHX3 کاهش بیان داشت. در تنش خشکی بیان ژنAtNHX8 به طور فاحشی افزایش یافت ولی بیان ژنAtNHX4 کاهش یافت. دربرنج میزان بیان همه ایزوفرمها در مرحله زایشی افزایش یافت. میزان بیان ژنOsNHX5 در همه مراحل رشدی نسبت به دیگر ایزوفرمهای این ژن در برنج بیشتر بود.

کلیدواژه ها:

آنتی پورترNa+/H+بیوانفورماتیک- آرابیدوپسیس - برنج

نویسندگان

فرشته بیات

استادیارگروه اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه خلیج فارس

اسماعیل ابراهیمی

دانشیارگروه اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

پریسا آقاگل زاده

دانشجوی کارشناسی ارشد اصلاح نباتات دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز

سولماز احمدیان

مربی دانشگاه پیام نور واحد شهر قدس تهران

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Aharon, G.S., Apse, M.P., Duan, S., Hua, X., and Blumwald, ...
  • Apse, M. P., Sottosanto, J.B., and Blumwald, E., Vacuolar cation/H+ ...
  • Blumwald, E., Aharon, G.S. and Apse, M.P. 2000. Sodium transport ...
  • Fukuda, A., Nakamura, A., Hara, N., Toki, S., and Tanaka, ...
  • Munns, R. and Tester, M. 2008. Mechanisms of salinity tolerance. ...
  • Nakamura, N., Tanaka, S., Teko, Y., Mitsui, K., and Kanazawa, ...
  • Qiu, Q.S., Barkla, B.J., Vera-Estrella, R., Zhu, J.K. and Schumaker, ...
  • Qiu, Q.S., Guo, Y., Quintero, F.J., Pardo, J.M., Schumaker, K.S. ...
  • Rui A., Chen, Q.J., Chai M.F., Lu P.L., Su Z., ...
  • Shi H, Quintero FJ, Pardo JM, Zhu J-K. 2002. The ...
  • Shi, H., B.-H. Lee, S.-J. Wu, and J.-K. Zhu. 2003. ...
  • Shi, H., Ishitani, M., Kim, C. and Zhu, J.-K. 2000. ...
  • Yokoi, S., Quintero, F.J., Cubero, B., Ruiz, M.T., Bressan, R.A., ...
  • نمایش کامل مراجع