پیشبینیmiRNAهای موثر در تشکیل ریشههای نابجا

تشکیل ریشه نابجا یکی از مراحل کلیدی تکثیر رویشی گونههای مهم چوبی و باغبانی است که عوامل مختلفی بر آن اثرگذار است.هورمونهای گیاهی بهویژه اکسین نقش اساسی در تنظیم نمو ریشه و ایجاد ریشههای نابجا ایفا میکنند. دو خانواده از فاکتورهای رونویسی در تنظیم بیان ژنهای پاسخگر به اکسین دخیل میباشند. خانواده اول، فاکتورهای پاسخگر به اکسینAFRبوده که با اتصال به عناصر پاسخگر به اکسینAuxREs در ناحیه پروموتری ژنهای پاسخگر به اکسین، فاکتورهای رونویسی خانواده دومAux/IAA را جذب نموده و از رونویسی این ژنها جلوگیری بعمل میآورند. اطلاعات حاصل از پیشرفتهای اخیر نشان داده است که فعالیتmiRNAهابرای تنظیم بیان ژنهای درگیر در این فرآیندها لازم میباشد. الگوریتمهای گوناگونی همچونTargetscan, Miranda, Pictarو Microcosmجهت پیشبینی ژنهای هدف miRNA ها مورد استفاده قرار میگیرند. در این مطالعه فاکتورهای رونویسی درگیر در ایجاد ریشههای نابجا در دو گیاه آرابیدپسیس و صنوبر انتخاب و با استفاده از 3 الگوریتم مختلف، جهت پیشبینیmiRNAهای دخیل در تنظیم بیان ژنهای مربوطه، مورد آنالیز قرار گرفتند. اطلاعات حاصل از آنالیز ژنها با یکدیگر ترکیب شده وmiRNAهایی که در تنظیم بیان تعداد بیشتری از ژنها نقش داشتند انتخاب شدند. از اینmiRNAها میتوان به عنوان نشانگرهای احتمالی جهت انتخاب ژنوتیپهای پاسخگر به اکسین به هدف تکثیر رویشی استفاده نمود

کلیدواژه ها:

اکسین ، ریشه نابجا ، تکثیر رویشی ، miRNA