تعیین ترادف ژن پروتئین پوششی جدایههای ویروس موزائیک خیار از استان ایلام و بررسی موقعیت فیلوژنتیکی آن

ویروس موزائیک خیارCucumber mosaic virus-CMVاز جنسCucumovirusیکی از ویروسهای دارای تنوع ژنتیکی و با دامنه میزبانی وسیع میباشد. داشتن اطلاعات کافی از تنوع ژنتیکی جدایههای شایع در هر منطقه از پیشنیازها جهت موفقیت در انتخاب واصلاح ارقام زراعی مقاوم در برابر آلودگی این ویروس محسوب میشود. با توجه به اهمیت زراعت گوجهفرنگی (یکی از میزبانهای مهماین ویروس) در استان ایلام، در این بررسی تعداد 53 نمونه برگی با علائم موزائیک، پیسک و بدشکلی برگ از مزارع گوجهفرنگی استان فوق جمعآوری و از نظر آلودگی بهCMVبا استفاده از آنتیبادی اختصاصی به روش الایزا مورد آزمون قرار گرفتند. سه نمونهD2S2,Sh4S و 2 I3S1که در آزمون الایزا واکنش مثبت داشتند، انتخاب و بکمک روشRT-PCRو بکارگیری آغازگرهای اختصاصی، ناحیه ژن پروتئین پوششیCPویروسCMVتکثیر و تعیین توالی شد. طول توالی کامل نوکلئوتیدی ژنCPاین سه جدایه 657 نوکلئوتید بود که یک پروتئین فرضی بطول 218 اسیدآمینه کد مینماید. سه توالی بدست آمده با توالیCPمربوط به 46 دیگر جدایهCMVثبت شده دربانک ژن، مورد مقایسه قرار گرفتند. در درخت تبارزایی رسم شده به روشNJدو گروه اصلی با تکرارپذیری بالا مشاهده شد که گروهI خود به دو زیرگروهIB و IAقابل تفکیک بود. هر سه جدایه ایرانی مورد بررسی در این تحقیق، بهمراه برخی دیگر جدایههای ایرانی این ویروس در زیرگروهIAو تعدادی دیگر از جدایههای ایرانیCMV از خوزستان و هرمزگان) در زیرگروهIBقرار گرفتند. بررسی درصدیکنواختی توالی نوکلئوتیدی ژنCPنشان دهنده وجود درصد یکنواختی بالای 90 درصد بین سه جدایه ایرانی مورد مطالعه با دیگر جدایه های این ویروس بود. این اولین مطالعه روی تنوع ژنتیکی جدایههایCMVو گزارش وقوع زیرگروهIA این ویروس دراستان ایلام می باشد

کلیدواژه ها:

کوکوموویروس ، تنوع ژنتیکی ، ایلام