تعیین خصوصیات و آنالیز فشار انتخابی ژن پروتئین پوششی ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندرقند

ویروس ایرانی پیچیدگی برگ چغندرقندBeet curly top Iran virus (BCTIV)متعلق به جنسCurtovirusاز خانوادهGeminiviridaeمی باشدطول کامل توالی ژن پروتئین پوششیCP دوجدایه ایرانی BCTIV-I و 2 BCTIV-I1از استان البرز 753 نوکلئوتید تعیین گردیدمطالعات تبارازیی نشان داد که جدایههایBCTIVبه دو گروهGII و GIتقسیم میشوند که اعضای گروهGIخود در دو زیر گروهA,Bقرار میگیرند. دو جدایه ایرانی از استان البرز به همراه سه جدایه از تبریز، ارومیه و شیراز در گروهGIIگروهبندی شدند. آنالیز فاصله ژنتیکی با استفاده از روشkimura two parameterنشان دهنده سه گروه بود که در آن بیشترین فاصله ژنتیکی12/6تا14/6 دربین اعضای GII و کمترین آن 0/0تا2/5بین زیرگروه A ازاعضای GI مشاهده گردید متوسط نرخ W برای تمام سایت ها 0.06 تعیین گردید که نشان میدهد این ژن به شدت تحت فشار انتخابی منفی است و تنها1/8درصد ازسیت هاتحت فشارانتخابی مثبت (ω=2.038)میباشند. پنج اسیدآمینه103A 38 و R ،14 S ،12 P* ،4 P*با استفاده از مدلهای شمارهM و 8 M3 ،M2aتحت فشارانتخابی مثبت تعیین شدند که بیشتر آنها در انتهای 5 ژنCPانتهای آمینیCPقرار دارند. نتایج این مطالعه نشان داد که نوترکیبی و نیزجایگزینی اسیدهای آمینه درCPمیتوانند تنوع در جمعیت این ویروس را توضیح دهند. این مطالعات که به خصوص در مورد ویروس های گیاهی کمتر صورت گرفته است میتواند به وظایف و ساختار پروتئینها و نیز اپیدمیولوژی ویروسها کمک نماید

کلیدواژه ها:

کورتوویروس ، آنالیز فشار انتخابی