بررسی بیوانفورماتیکی سایت فعال و روابط تکاملی پروتئین های هماگلوتنین در ویروس آنفلوانزایA

سال انتشار: 1393
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 646

فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

CIGS13_0003

تاریخ نمایه سازی: 7 بهمن 1393

چکیده مقاله:

پروتئین هماگلوتنین HAویروس آنفلوانزا که مهمترین گلیکوپروتئین سطحی غشاء ویروس نیز می باشد موجب آغاز عفونت از طریق اتصال به گیرنده های سلول میزبان می شود. این تحقیق به بررسی و آنالیز توالی های اسیدآمینه ای هماگلوتنین HAویروس آنفلوانزای Aکه رنج وسیعی از پرندگان و پستانداران را آلوده می کند، می پردازد. در این مطالعه تعداد 191 توالی اسید آمینه ای متعلق به کل 15 زیررده هماگلوتنین شناخته شده، با یکدیگر مقایسه شدند و تاکید بیشتر در زمینه بررسی سایت های عملکردی ویروس نظیر سایت اتصال به گیرنده به همراه مرزهای چپ و راست آن و همچنین درجه حفاظت شدگی آن ها در هر زیررده انجام گرفت. 3 شجره تکاملی مربوط به 15 نماینده پروتئین هماگلوتنین ماکیان ساخته شدند که اولین آن ها بر اساس همردیفی کل توالی های هماگلوتنین و دو شجره دیگر به ترتیب بر پایه همردیفی زنجیره های1HA و 2 HA شکل گرفتند. نتایج نشان می دهد که بر خلاف تشابهات کم مشاهده شده میان 191 توالی زیر واحدHA1سایت فعال آن ها به خوبی حفاظت شده است و فقط اختلافات اندکی در گروه بندی زیررده های هماگلوتنین بین دو شجره زیر واحدی1HA و 2 HAوجود دارد. در این زمینه زیرردهH9بیشترین میزان انحراف را نشان می داد. سایت فعال بررسی شده در زیررده های متفاوت پروتئین هماگلوتنین در این تحقیق می تواند به عنوان هدف تشخیصی و دارویی جهت کنترل و درمان بیماری آنفلوانزا در آینده مورد استفاده قرار گیرد.

نویسندگان

افسانه سادات فرساد

گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد

سعید ملک زاده شفارودی

گروه بیوتکنولوژی و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی، مشهد

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • AIR, G. M., A. J. GIBBS, W. G. LAVER, & ...
  • Childs, R.A., Palma, A.S., Wharton, S., et al. (2009). "Receptor- ...
  • Gambaryan, A., Tuzikov, A., Pazynina, G. et al. (2006). "Evolution ...
  • Gamblin, S.J., Haire, L.F., Russell, R..., Stevens, D.J., Xiao, B., ...
  • Hu, W. (2009). "Analysis of Correlated Mutations, Stalk Motifs, and ...
  • Hu, W. (2010) "Identification of highly conserved domains in hemagglutinin ...
  • Iwata, T., Fukuzawa, K., Nakajima, K., et al. (2008). "Theoretical ...
  • Katoh, K., Kuma, K., Toh, H. & Miyata, T. (2005). ...
  • Kovaccaron OVa, A., Ruttkay-Ned ecky, G., HaverliK, I.K., _ Jane ...
  • KUMAR, S., K. TAMURA, I. B. JAKOBSEN, & _ (2001). ...
  • Mehle, A. & Doudna, J.A. (2009). "Adaptive strategies of the ...
  • NEI, M., & S. KUMAR. (2000). :Molecular evolution and phylogenetics". ...
  • RAMBAUT, A. (2000). "Estimating the rate of molecular evolution: incorporating ...
  • Sound ararajan, V., Th arakaraman, K., et al. (2009). "Extrapolating ...
  • SUAREZ, D. L. (2000). "Evolution of avian influenza viruses". Vet. ...
  • Veljkovic, V., Niman, H.L, Glisic, S., et al. (2009) "Identification ...
  • Veljkovic, V., Veljkovic, N., Muller, C.P., Miller, S., Glisic, S., ...
  • Yamada, S., Suzuki, Y., Suzuki, T., et al. (2006).، ، ...
  • YANG, Z. (2000). "Phylogenetic analysis by maximum likelihood (PAML)". Version ...
  • نمایش کامل مراجع