پیشبینی ثبات پروتئین ها در اثر جهش های نقط های در همولیزین باسیلوس سرئوس

سروری است که ثبات پروتئینها را در اثر موتاسیونهای نقطه ای (موتاسیون در یک اسیدآمینه منفرد) پیشبینی میکند. این برنامه از ساختا ر-های محیطی ویژهی اتمی و زوایای پیچش برای پیشبینی ثغییرات انرژی فولدینگ در اثر موتاسیون و تفاوت در انرژی آزاد بین نوع وحشی و موتانیافتهاستفاده میکند. با استفاده از این سرور یک پروتئین را میتوان با توجه به ویژگیهای بیولوژیکی مطلوب و اهداف صنعتی تغییر داد. در این تحقیق از پروتئین همولیزین یکی از چندین پروتئین تولیدشده به وسیلهی باسیلوس سرئوس استفاده میشود که این باکتری یک پاتوژن فرص تطلب برای انسان است. اینتوکسین سبب اثر سیتولیتیک میشود و فاکتور ویرولانس مهمی در این باکتری است. این روش، یک روش جدید برای پیشبینی تغییرات مقاومتی پروتئین(همولیزین) است که مدل اتمی و زوایای چرخش مطلوب را پیشبینی میکند. ورودی سرور به فرم ت Protein Data Bank احتیاج دارد و خروجی سرورشامل اطلاعاتی دربارهی جایگاه موتاسیون، ویژگیهای ساختاری و اطلاعاتی جامع در موردتغییرات در ثبات پروتئین برای 91 تعویض ممکن در یک اسید-آمینه خاص میباشد. در این تحقیق ثبات همولیزین در مقابل حرارت در باکتری باسیلوسسرئوس بررسی میشود و از فرمت2NRJ برای این پروتئیناستفاده میگردد. جهشهای تصادفی در یک موقعیت مشخصشده ممکن است در طراحی انواع پروتئینهای مقاوم به حرارت کمک کند. توالی همولیزین دراین باکتری دارای 375 اسیدآمینه است، که از سرین 61 تا تیروزین 195 مربوط به فعالیت همولیتیک آنزیم میباشد که ما به صورت اتفاقی اسیدآمینههیستیدین را انتخاب و تغییرات راروی این اسیدآمینه بررسی کردیم. در این توالی 375 اسیدآمینهای ،5 اسیدآمینهی هیستیدین وجود دارد که 2 تا از این 5 اسیدآمینه در ناحیه همولیتیک آنزیم قرار گرفتهاست. اسیدآمینهی His76 و His155 که هرکدام را جداگانه به سرور میدهیم که بررسی نتایج نشان می-دهد، موتاسیون در هر کدام از این اسی دآمین هها (His76 و His155 )، نتیج هی متفاوتی در ثبات همولیزین دارد. از آنجاییکه دسترسی حلال به His765/6% است یعنی در سطح درونی قرار گرفته و تنها زمانی باعث افزایش ثبات پروتئین میشود که با اسیدآمینهها ی Ile ,Gln ,Tyr ,Asn ,Glu ,Asp جایگزین شود. اما در His155 که دسترسی به حلال در آن 76/62% است یعنی نسبت به هیستیدین قبلی در سطح آنزیم است. در اثر موتاسیون اگر بااسیدآمینههای Met ,Gln ,Lys ,Asn ,Glu ,Asp و Arg جایگزین گردد مقاومت همولیزین را در برابر حرارت افزایش میدهد. اینگونه تحقیقات به تولیدپروتئینهایی با مقاومت بالا کمک میکند .

کلیدواژه ها:

سرورر ، ثباتپروتئین ، همولیزین ، فرمت2N