بررسی تنوع درژ نهای ردوپسین و پیش بینی تاثیر هیدروفوبیسیتی ساختار آن در عملکرد ردوپسین های آرکه آ و باکتریایی

باکتریوردوپسین یک پمپ پروتونی وابسته به نور است که از دو قسمت باکتریواپسین و رتینال تشکیل شده اس ت و درغشا ی ارغوان ی بعض ی از آرک ی ها ی هالوفیل، قرار دارد .بخش پروتئینی باکتریوردوپسین، باکتریواپسین نامیده می شود .به خاطر ساختار خاص این پروتئین، در طی انتقال فتوشیمیای ی رتینال، پروتون می تواند از فضای داخلی این پروتئین پرتاب شود .زانتوردوپسین و پروتئوردوپسین گروهی از ردوپسی نها ی شبی ه باکتریوردوپسی ن هستن د ک ه در باکتری ها دیده م یشوند .هدف این مقاله بررسی تفاوت ردوپسین های آرکه آیی و باکتریایی است .به این منظور ژن ردوپسین در تمامی میکروارگانیسم ها ی دارای ردوپسین بررسی شد و مشخص شد که ژن های زانتوردوپسین نسبت به پروتئوردوپسین شباهت بیشتری ب ه باکتریوردوپسی ن دارن د .همچنی ن م ا از بیوانفورماتیک برای مقایسه ی ساختار پروتئین، آمینواسیدها و خاصیت هیدروفوبیسیتی اطراف رتینال در ردوپسین آرکه آیی و باکتریایی استفاده کرده ای م و نشان داد هایم که تفاوت در نوع رتینال و هیدروفوبیسیتی فضای اطراف آن در داخل ردوپسین، دو علت مه م ایجا د تنو ع در ردوپسی ن میکروارگانی س مه ا هستند که باعث تنوع در فعالیت آن ها نیز می شود.

کلیدواژه ها:

باکتریوردوپسین ، زانتوردوپسین ، پروتئوردوپسین