ناشر تخصصی کنفرانس های ایران

لطفا کمی صبر نمایید

Publisher of Iranian Journals and Conference Proceedings

Please waite ..
ناشر تخصصی کنفرانسهای ایران
ورود |عضویت رایگان |راهنمای سایت |عضویت کتابخانه ها
عنوان
مقاله

استفاده از سیستمهای ناهمگون به عنوان شتاب دهنده در بیوانفورماتیک

سال انتشار: 1391
کد COI مقاله: IBIS04_038
زبان مقاله: فارسیمشاهده این مقاله: 588
نسخه کامل این مقاله ارائه نشده است و در دسترس نمی باشد

مشخصات نویسندگان مقاله استفاده از سیستمهای ناهمگون به عنوان شتاب دهنده در بیوانفورماتیک

سید هادی حسینی - انجمن پرل ,مشهد
منصور ابراهیمی - گروه زیست شناسی و گروه پژوهشی بیوانفورماتیک پژوهشکده سبز دانشگاه قم

چکیده مقاله:

با افزایش حجم اطلاعات نیاز به ارائه سیستم های قویتر برای پردازش حجم عظیم اطلاعات ضروری است. برای پاسخ به این نیاز از انواع مختلفی از پردازنده ها با ساختار چند هسته ای استفاده شده که هسته های بیشتر به معنای کارهای موازی بیشتر و سرعت بالاتر در اجرای برنامه های موازی سازی شده است. پردازندهای گرافیکی به دلیل دارا بودن تعداد هسته های پردازشی بالا و قابلیت برنامه نویسی بالایی که دارند به عنوان یکی از گزینه های مطرح در این زمینه برای محاسبه موازی می باشند.این نوع از پردازنده های گرافیکی را پردازنده گرافیکی با قابلیت عمومی می نامند. سیستمهای ناهمگن بااستفاده ازپردازنده هایی نظیر پردازنده گرافیکی شکل می گیرند که ازاستانداردها و چارچوب های برنامه نویسی جدیدی استفاده می کنند. دو نوع از سکوهایی که برای توسعه سیستم های شتاب دهنده گرافیکی استفاده میشود به ترتیبOpenCL و CUDA از کمپانی هایKhronos و NVIDIA می باشد. بدلیل گستردگی سخت افزارهای موجود و قابلیت جابجایی برنامه در این تحقیق از محیط توسعهOpenCL استفاده کردیم.ما تلاش کردیم با استفاده ازاستانداردهاوابزارهای برنامه نویسی یکی ازالگوریتم های داده کاوی در حوزه بیوانفورماتیک (جستجوی توالی های تکراری در سطح ژنوم و پروتئوم)را برای اولین بار در دنیابرروی پردازنده گرافیکی اجراکنیم. هدف از این تحقیق بررسی کارایی الگوریتم با استفاده از پردازنده گرافیکی بوده که سه برنامه مجزا نوشته شد .اولین برنامه برای تولید کلیه الگو های قابل محاسبه برای پردازش بود. دومین برنامه سیستم پردازش با شتاب دهنده از طریق پردازنده گرافیکی بود که از الگوریتمی با ساختار اطلاعات موازی (Data-Parallel)بهره میبرد. آخرین برنامه برای تست صحت و مقایسه نتایج بدست آمده بود. که این برنامه نیز خودبا استفاده از چارچوب موازی سازی معروف OpenMP نوشته شد.در پایان با مقایسه نتایج مشخص شد برنامه ای که با استفاده از شتاب دهنده گرافیکی نوشته شده در حدود 128 برابر سریعتر از برنامه موازی سازی شده با استفاده از ریزپردازنده بود. برای اولین بار با استفاده از این قابلیت ها، امکان استفاده ازپردازشگرهای گرافیکی در پردازش الگوریتم های بیوانفورماتیکی با ضریب کارایی بسیار بالا ارائه گردیدند.

کلیدواژه ها:

کد مقاله/لینک ثابت به این مقاله

کد یکتای اختصاصی (COI) این مقاله در پایگاه سیویلیکا IBIS04_038 میباشد و برای لینک دهی به این مقاله می توانید از لینک زیر استفاده نمایید. این لینک همیشه ثابت است و به عنوان سند ثبت مقاله در مرجع سیویلیکا مورد استفاده قرار میگیرد:

https://civilica.com/doc/287593/

نحوه استناد به مقاله:

در صورتی که می خواهید در اثر پژوهشی خود به این مقاله ارجاع دهید، به سادگی می توانید از عبارت زیر در بخش منابع و مراجع استفاده نمایید:
حسینی، سید هادی و ابراهیمی، منصور،1391،استفاده از سیستمهای ناهمگون به عنوان شتاب دهنده در بیوانفورماتیک،چهارمین همایش بیوانفورماتیک ایران،تهران،https://civilica.com/doc/287593

در داخل متن نیز هر جا که به عبارت و یا دستاوردی از این مقاله اشاره شود پس از ذکر مطلب، در داخل پارانتز، مشخصات زیر نوشته می شود.
برای بار اول: (1391، حسینی، سید هادی؛ منصور ابراهیمی)
برای بار دوم به بعد: (1391، حسینی؛ ابراهیمی)
برای آشنایی کامل با نحوه مرجع نویسی لطفا بخش راهنمای سیویلیکا (مرجع دهی) را ملاحظه نمایید.

مدیریت اطلاعات پژوهشی

صدور گواهی نمایه سازی | گزارش اشکال مقاله | من نویسنده این مقاله هستم

اطلاعات استنادی این مقاله را به نرم افزارهای مدیریت اطلاعات علمی و استنادی ارسال نمایید و در تحقیقات خود از آن استفاده نمایید.

مقالات مرتبط جدید

به اشتراک گذاری این صفحه

اطلاعات بیشتر درباره COI

COI مخفف عبارت CIVILICA Object Identifier به معنی شناسه سیویلیکا برای اسناد است. COI کدی است که مطابق محل انتشار، به مقالات کنفرانسها و ژورنالهای داخل کشور به هنگام نمایه سازی بر روی پایگاه استنادی سیویلیکا اختصاص می یابد.

کد COI به مفهوم کد ملی اسناد نمایه شده در سیویلیکا است و کدی یکتا و ثابت است و به همین دلیل همواره قابلیت استناد و پیگیری دارد.

پشتیبانی