بررسی ترانسکریپتومی ویژگی های مولکولی انتریت پاروویروسی در سگ برپایه پروفایل بیان ژنی

زمینه مطالعه: بیماری انتروپاتی التهابی مزمن (Chronic Inflammatory Enteropathy) یا CIE در سگ ها به اختلالی اشاره دارد که با التهاب مزمن در روده ها همراه است و می تواند به علائمی مانند اسهال مداوم، استفراغ، کاهش وزن و بی اشتهایی منجر شود. این بیماری معمولا به علت عوامل مختلفی، ازجمله حساسیت های غذایی، عفونت ها و اختلالات ایمنی ایجاد می شود و تشخیص و درمان مناسب آن برای بهبود کیفیت زندگی و سلامت سگ ها ضروری است.هدف: مطالعه حاضر به بررسی مکانیسم های مولکولی و الگوهای بیان ژن در بیماری CIE با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی و آزمایش های مولکولی می پردازد.روش‎کار: در مطالعه حاضر، داده های توالی یابی RNA تک سلولی (scRNA-seq) مربوط به نمونه های سگ های سالم و مبتلا به انتروپاتی التهابی مزمن (CIE) با استفاده از پکیج Seurat نسخه ۳ پردازش و نرمال سازی شدند و پس از شناسایی ۲۰ خوشه سلولی مجزا، بیان ژن های کلیدی مرتبط با مسیرهای سیگنالینگ اصلی با روش RT-qPCR در ۳۵ نمونه (۲۵ نمونه بیمار و ۱۰ نمونه کنترل) مورد ارزیابی قرار گرفت.نتایج: نتایج آنالیز بیوانفورماتیک ۳۸۵ ژن با بیان تفاوت دار معنی دار (۰۵/۰>adjusted P) را شناسایی کرد که غنی سازی Pathway آن ها مسیر سیگنالینگ عفونت ویروس لوسمی سلول T انسانی (cfa۰۵۱۶۶) را نشان داد و validation با RT-qPCR تغییرات معنی دار ژن های کلیدی این مسیر، از جمله افزایش پنج برابری EGR۲ (۰۱/۰> P) و کاهش ۳/۳ برابری NFKBIA ( ۰۵/۰> P ) را تایید کرد که نقش آن ها متابولیسم گلوکز و تنظیم ایمنی بود.نتیجه­گیری نهایی: مطالعه حاضر نشان داد اختلال در تنظیم مسیرهای سیگنالینگ مرتبط با عفونت ویروسی و پاسخ ایمنی، از جمله مسیر cfa۰۵۱۶۶ و JAK-STAT نقش محوری در پاتوژنز بیماری ایفا می کند که می تواند زمینه ساز توسعه بیومارکرهای تشخیصی و رویکردهای درمانی نوین برای این بیماری باشد.

کلیدواژه ها:

آنالیز بیوانفورماتیک ، بیان ژن ، بیومارکر ، مسیر سیگنالینگ ، Real-time RT-qPCR