هدف: سیاهدانه با نام علمی Nigella sativa L. گیاهی از تیره آلاله و با قدمتی ۳۰۰۰ ساله است که کاربرد وسیعی در صنعت داروسازی دارد. علی رغم روند فزاینده استفاده از گیاهان دارویی و معطر در صنایع مختلف داروسازی، بهداشتی و درمانی در جهان و انجام مطالعات مختلف در زمینه به زراعی گیاهان دارویی، خلا محسوسی در زمینه ارزیابی های به نژادی به منظور دستیابی به ارقام پر محصول و مناسب کشت در شرایط مختلف کشور احساس می شود.مواد و روش ها: در این مطالعه
تنوع ژنتیکی ۲۰ اکوتیپ سیاهدانه جمع آوری شده از مناظق مختلف کشور با استفاده از نشانگر مولکولی ISSR مورد بررسی قرار گرفت. DNA ژنومی از برگ های جوان و تازه با استفاده از دستورالعمل CTAB و بر اساس روش تغییر یافته Lodhi و همکاران (۱۹۹۴) انجام گرفت. داده های به دست آمده، برای محاسبه شاخص های مختلفی همچون محتوای اطلاعات چندشکلی، قدرت تفکیک و شاخص نشانگری تجزیه شدند و گروه بندی آن ها به کمک تجزیه خوشه ای (بر اساس ماتریس عدم تشابه جاکارد و به روش Neighbor joining) و تجزیه به مختصات اصلی به کمک نرم افزار Darwin انجام شد. ساختار جمعیت داده های مولکولی نیز با نرم افزار STRUCTURE بررسی و انجام شد.نتایج: از تعداد ۱۰ آغازگر مورد استفاده تعداد نه آغازگر دارای باندهای قابل امتیازدهی بودند. آغازگرهای مورد استفاده در مجموع ۷۷ باند تکثیر شده تولید کردند که از این بین تعداد ۵۵ باند چندشکل مشاهده شد. میانگین تعداد باند تولید شده توسط هر آغازگر ۵۶/۶ بود. آغازگر سه از بیشترین (۴۰۸/۰) و آغازگر چهار (۲۱۷/۰) از کم ترین میزان شاخص
محتوای اطلاعات چندشکلی برخوردار بودند. با توجه به مقادیر محاسبه شده شاخص های محتوای اطلاعات چندشکلی، شاخص نشانگری و شاخص قدرت تفکیک، آغازگر ISSR-۱ به عنوان مناسب ترین آغازگر جهت بررسی
تنوع ژنتیکی سیاهدانه در این مطالعه معرفی شد. میزان شباهت ژنتیکی مشاهده شده براساس اطلاعات این نشانگرها از ۱۲۳/۰ الی ۴۸۵/۰ متغیر بود که پایین بودن میزان شباهت ژنتیکی نشان دهنده وجود
تنوع ژنتیکی بالا در بین اکوتیپ های مورد مطالعه است. نتایج تجزیه خوشه ای اکوتیپ های مورد بررسی را در سه گروه متمایز تفکیک کرد، با این وجود در تجزیه ساختار جمعیت تعداد هشت گروه جمعیتی مختلف شناسایی شد.نتیجه گیری: به طور کلی نتایج این تحقیق حاکی از وجود
تنوع ژنتیکی بالقوه و بالا در بین اکوتیپ های سیاهدانه مورد مطالعه بود. با توجه به اینکه اکوتیپ های بومی دارای سازگاری بالا با محیط هستند می توان این مجموعه را به عنوان یک منبع ژنتیکی ارزشمند در برنامه های به نژادی آتی سیاهدانه معرفی نمود.