ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

اثر سطوح مختلف دام های تعیین ژنوتیپ شده در ارزیابی ssGBLUP بر صحت و پاسخ به انتخاب: یک مطالعه شبیه سازی

محل انتشار: فصلنامه علوم دامی ایران، دوره: 57، شماره: 1
سال انتشار: 1405
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 22

فایل این مقاله در 13 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2641517

شناسه ملی سند علمی:

JR_IJAS-57-1_006

تاریخ نمایه سازی: 1 تیر 1405

چکیده مقاله:

هدف پژوهش حاضر، بررسی اثر سطوح مختلف دام­های تعیین ژنوتیپ شده در ارزیابی ssGBLUP همراه با سطوح مختلف خطای شجره و وراثت­پذیری­ صفت از طریق شبیه­سازی بود. برای انجام تحقیق، صفت میانگین وزن شیرگیری بره­ها در طی پنج نسل شبیه سازی شد. از صحت انتخاب و پاسخ به انتخاب صفت مذکور برای مقایسه اثر سناریوهای مختلف استفاده شد. سناریوها شامل پنج سطح از دام­های تعیین ژنوتیپ شده و دو عامل خطای شجره و وراثت­پذیری، هرکدام با سه سطح بود. از نرم افزار R برای انجام این شبیه­سازی استفاده شد. با افزایش درصد دام­های تعیین ژنوتیپ شده در ارزیابی ssGBLUP، صحت انتخاب افزایش یافت ولی مقادیر عددی صحت انتخاب در سطوح مختلف وراثت­پذیری اختلاف کمتری نشان داد. میانگین صحت در سناریوی دام­های فاقد اطلاعات ژنوتیپی، و سطوح مختلف خطای شجره و وراثت­پذیری، ۵/۰ بود، و برای سناریوی با ۱۰۰ درصد از دام­های تعیین ژنوتیپ شده، معادل ۷۹/۰ بود. در سناریوی دام­های فاقد اطلاعات ژنوتایپینگ، سطوح خطای شجره­ ارتباط معکوسی با صحت ارزیابی­های ssGBLUP داشت. با افزایش درصد دام­های تعیین ژنوتیپ شده، ارتباط خطای شجره با صحت ارزیابی­های ssGBLUP کمتر شد. با افزایش درصد دام­های تعیین ژنوتیپ شده، میانگین پاسخ به انتخاب نیز افزایش یافت. خطای شجره در سناریویی که تمام دام­های فاقد اطلاعات ژنوتیپی بودند اثر معنی داری را نشان داد. با افزایش درصد دام­های دارای اطلاعات ژنوتیپی، اثر خطای شجره­­تصحیح شده و اثر آن بر میزان پاسخ به انتخاب کمتر شد. با توجه به نتایج حاصله از تحقیق حاضر، می­توان گفت ssGBLUP گزینه بسیار مناسبی برای تحلیل ژنتیکی جمعیت­های دامی کوچک است.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

مهدی ایمانی

گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.

حسین مرادی شهربابک

گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.

محمد مرادی شهربابک

گروه علوم دامی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • REFERENCESAguilar, I., Legarra, A., Cardoso, F., Masuda, Y., Lourenco, D., ...
  • Aguilar, I., Misztal, I., Johnson, D.L., Legarra, A., Tsuruta, S., ...
  • Amadeu, R. R., Garcia, A. A. F., Munoz, P. R., ...
  • Anonymous. (۲۰۰۱). The International SNP Map Working Group. A map ...
  • Banos, G., Wiggans, G. R., & Powell, R. L. (۲۰۰۱). ...
  • Bermann, M., Cesarani, A., Misztal, I & Lourenco, D. (۲۰۲۲). ...
  • Christensen, O.F., Borner, V., Varona, L., & Legarra, A. (۲۰۲۱). ...
  • Christensen, O.F, Madsen, P., Nielsen, B., Ostersen, T., & Su, ...
  • Christensen, O.F., & Lund, M.S. (۲۰۱۰). Genomic prediction when some ...
  • Fernando, R.L., & Grossman, M. (۱۹۸۹). Marker-assisted selection using best ...
  • Gao, H., Koivula, M., Jensen, J., Strandén, I., Madsen, P.,Pitkänen, ...
  • Geldermann, H., Pieper, U., & Weber, W. E. (۱۹۸۶). Effect ...
  • Kaseja, K., Mucha, S., Yates, J., Smith, E., Banos, G., ...
  • Haley, C.S., & Vischer, P.M. (۱۹۹۸). Strategies to utilize marker-quantitative ...
  • Imani, M., Moradi-shahrebabak, M., & Moradi-shahrebabak, H. (۲۰۲۴). Study levels ...
  • Lande, R., & Thompson, R. (۱۹۹۰). Efficiency of marker-assisted selection ...
  • Legarra, A.. Aguilar, I., & Misztal, I. (۲۰۰۹). A relationship ...
  • Legarra, A., Chistensen, O.F., Aguilar, I., & Misztal, I. (۲۰۱۴). ...
  • Liu, A., Lund, M.S., Boichard, D., Karaman, E., Guldbrandtsen, B., ...
  • Lourenco, D.A., Fragomeni, B.O., Tsuruta, S., Aguilar, I., Zumbach, B., ...
  • Pérez, P., & de los Campos, G. (۲۰۱۴). Genome-Wide Regression ...
  • Masuda, Y., VanRaden, P.M., Tsuruta, S., Lourenco, D., & Misztal, ...
  • Meuwissen, T.H.E., Hayes, B.J., & Goddard, M.E. (۲۰۰۱). Prediction of ...
  • Misztal, I., Tsuruta, S., Lourenco, D,A.L., Masuda, Y., Aguilar, I., ...
  • Munoz, P. R., Resende, MF.R., Huber, D.A., Quesada, T., Kirst, ...
  • Soller, M., & Beckmann, J.S. (۱۹۸۳). Genetic polymorphism in varietal ...
  • Schork, N.J., Fallin, D., & Lanchbury, S. (۲۰۰۰). Single nucleotide ...
  • Stonecking, M. (۲۰۰۱). From the evolutionary past. Nature, ۴۰۹, ۸۲۱–۸۲۲. ...
  • Tonussi, R.L., Silva, R.M.O., Magalhães, A.F.B., Espigolan, R., Peripolli, E., ...
  • Wiggans, G.R., VanRaden, P.M., & Cooper, T.A. (۲۰۱۲). Technical note: ...
  • VanRaden, P.M., Tooker, M.E., Chud, T., Norman, H.D., Megonigal, J.H., ...
  • VanRaden, P.M. (۲۰۰۸). Efficient methods to compute genomic predictions. Journal ...
  • Visscher, P. M., Woolliams, J. A., Smith, D., & Williams, ...
    • نمایش کامل مراجع