شناسایی مولکولی، تجزیه و تعیین توالی ژن رمز کننده پروتئین پوششی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در مزارع گوجه فرنگی از برخی مناطق ایران

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (Tomato yellow leaf curl virus; Begomovirus coheni) یکی از مخرب ترین ویروس های گیاهی است که با ایجاد خسارت های شدید در مزارع گوجه فرنگی، در میان ده ویروس مهم گیاهی جهان قرار گرفته است. در این مطالعه به منظور ردیابی و بررسی تنوع این ویروس، نمونه برداری از گیاهان مشکوک به آلودگی ویروسی در برخی مزارع گوجه فرنگی مناطق اصفهان، یزد و ورامین انجام شد. پس از استخراج DNA کل از بافت برگ، ردیابی با واکنش زنجیره ای پلیمراز (PCR) توسط جفت آغازگرهای اختصاصی ژن V۱ ویروس انجام شد. طی واکنش زنجیره ای پلیمراز، قطعه ای به طول تقریبی ۶۷۰ جفت باز در ۱۲ نمونه مشکوک تکثیر شد که نهایتا هفت جدایه توالی یابی شدند. توالی های حاصل با توالی های موجود در پایگاه داده NCBI هم ردیف سازی شده و تجزیه و تحلیل های تبارزایی با استفاده از روش های Neighbor-Joining، در نرم افزار MEGA ۱۱ انجام شد. براساس نتایج تجزیه و تحلیل های تبارزایی برخی از جدایه های منتخب ایرانی در دو گروه متمایز همراه با برخی از جدایه ها از سایر مناطق دنیا در شاخه ۱ طبقه بندی شدند. تحلیل شبکه هاپلوتیپی نیز این گروه بندی ها را تائید کرد. علاوه بر این، بررسی دقیق جایگاه تبارزایی و تعیین نوع سویه جدایه های تازه شناسایی شده نشان داد که تمامی این جدایه ها درون خوشه TYLCV-OM قرار دارند که بیانگر نزدیکی ژنتیکی و منشا تکاملی مشترک آن هاست. این الگو، فرضیه تعلق این جدایه ها به یک استرین منطقه ای متمایز و سازگار با شرایط محیطی خاص مناطق مرکزی ایران را تقویت می کند. تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی نشان دهنده تفاوت معنا دار بین جمعیت های مناطق مورد بررسی بود. افزون بر آن، آزمون های خنثی بودنTajima’s D ، Fu and Li’s D و F و سایر آنالیزهای جمعیتی و مولکولی شواهدی از انتخاب خالص سازی و گسترش اخیر جمعیت ارائه کردند. همچنین، در بین جدایه های مورد بررسی یک رویداد نوترکیبی معنادار با استفاده از نرم افزار RDP۴ شناسایی شد و آزمون های فشار انتخابی با روش های FEL و MEME  نشان دادند که تعدادی از کدون ها تحت فشار انتخابی مثبت یا منفی قرار دارند. این یافته ها تصویری جامع از تنوع ژنتیکی و پویایی تکاملی TYLCV در مناطق مرکزی (اصفهان و یزد و ورامین) ایران ارائه می دهد که می تواند در تدوین راهبردهای مدیریتی موثر برای کنترل بیماری در سطح منطقه ای مفید باشد.

کلیدواژه ها:

آنالیز تبارزایی ، تنوع ژنتیکی ، ردیابی مولکولی ، سفید بالک ، ویروس پیچیدگی زرد گوجه فرنگی