ارزیابی تعاملات مولکولی با مهارکننده های نسل سوم EGFR در پروتئین نوع وحشی: یک مطالعه شبیه سازی دینامیک مولکولی

سال انتشار: 1404
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 12

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_JAB-38-4_003

تاریخ نمایه سازی: 4 خرداد 1405

چکیده مقاله:

در این مطالعه، اثرات چهار مهارکننده نسل سوم EGFR، شامل دو داروی تایید شده (Osimertinib و Mobocertinib) و دو کاندیدای دارویی (Olmutinib و Abivertinib) بر پایداری و تعاملات با EGFR نوع وحشی (EGFRWT) مورد بررسی قرار گرفت. با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی (MD) و روش های بیوانفورماتیکی، پارامترهای کلیدی مانند پیوندهای هیدروژنی، شعاع ژیراسیون (Rg)، و انرژی آزاد اتصال (ΔG) با روش MMPBSA، ارزیابی شدند. نتایج نشان داد که Olmutinib در مقایسه با سایر مهارکننده ها، ناپایداری بیشتری در تشکیل کمپلکس با EGFR دارد و تمایل کمتری به اتصال نشان می دهد. این یافته ها نشان می دهند که Olmutinib ممکن است منجر به عوارض جانبی کمتری در مقایسه با دیگر مهارکننده ها شود و می تواند به عنوان یک گزینه مطلوب برای درمان سرطان با حداقل عوارض جانبی در نظر گرفته شود.

کلیدواژه ها:

EGFR نوع وحشی ، مهارکننده های نسل سوم EGFR ، شبیه سازی دینامیک مولکولی ، تحلیل MMPBSA ، و Olmutinib

نویسندگان

سید صادق محمدی موسوی

گروه بیوفیزیک، دانشکده علوم زیستی، دانشگاه تربیت مدرس، تهران، ایران

سید شهریار عرب

دانشگاه کالیفرنیا، سن دیگو

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Hidayat, S., Maulana Ibrahim, F., Suhandi, C., & Muchtaridi, M. ...
  • Tian, Y., Yao, J., Liu, S., Jiang, C., Zhang, J., ...
  • Talukdar, S., Emdad, L., Das, S. K., & Fisher, P. ...
  • Levantini, E., Maroni, G., Del Re, M., & Tenen, D. ...
  • In Seminars in Cancer Biology. Academic Press. https://doi.org/۱۰.۱۰۱۶/j.semcancer.۲۰۲۲.۰۴.۰۰۲ ...
  • Assadollahi, V., Rashidieh, B., Alasvand, M., Abdolahi, A., & Lopez, ...
  • Kruspig, B., Monteverde, T., Neidler, S., Hock, A., Kerr, E., ...
  • Momeny, M., Zarrinrad, G., Moghaddaskho, F., Poursheikhani, A., Sankanian, G., ...
  • Helga Wecker and Cornelius F. Waller. (۲۰۱۶). Afatinib.pdf ...
  • Ward, M. D., & Leahy, D. J. (۲۰۱۵). Kinase activator-receiver ...
  • Alen, B. O., Est, L. S., Reguera-arias, A., Garc, R., ...
  • Sabbah, D. A., Hajjo, R., & Sweidan, K. (۲۰۲۰). Review ...
  • Shi, K., Wang, G., Pei, J., Zhang, J., Wang, J., ...
  • Mansour, M. A., AboulMagd, A. M., Abbas, S. H., Abdel-Rahman, ...
  • RSC Advances, ۱۳ (۲۷): ۱۸۸۲۵–۱۸۸۵۳. https://doi.org/۱۰.۱۰۳۹/d۳ra۰۲۳۴۷h ...
  • Zhang, H. (۲۰۱۶). Three generations of epidermal growth factor receptor ...
  • Stinchcombe, T. E. (۲۰۱۶). The Use of EGFR Tyrosine Kinase ...
  • Current Treatment Options in Oncology, ۱۷ (۴). https://doi.org/۱۰.۱۰۰۷/S۱۱۸۶۴-۰۱۶-۰۳۹۴-۴ ...
  • Wecker, H., & Waller, C. F. (۲۰۱۸). Afatinib. Recent Results ...
  • Russo, A., Franchina, T., Ricciardi, G. R. R., Smiroldo, V., ...
  • Chemistry Software, HyperChem, Molecular Modeling. (n.d.). Retrieved January ۲۴, ۲۰۲۴, ...
  • Eberhardt, J., Santos-Martins, D., Tillack, A. F., & Forli, S. ...
  • Trott, O., & Olson, A. J. (۲۰۱۰). AutoDock Vina: improving ...
  • https://doi.org/۱۰.۱۰۰۲/JCC.۲۱۳۳۴[۲۳] DrugBank Online. (۲۰۰۶). DrugBank Online | Database for Drug ...
  • RCSB PDB: Homepage. (n.d.). Retrieved January ۲۵, ۲۰۲۴, from https://www.rcsb.org/ ...
  • Hollingsworth, S. A., & Dror, R. O. (۲۰۱۸). Molecular Dynamics ...
  • GROMACS ۲۰۲۴.۲ Manual. (n.d.). https://doi.org/۱۰.۵۲۸۱/ZENODO.۱۱۱۴۸۶۳۸[۲۷] Huang, J., Rauscher, S., Nawrocki, ...
  • CHARMM۳۶m: an improved force field for folded and intrinsically disordered ...
  • The PyMOL Molecular Graphics System, Version ۴.۶ Schrödinger, LLC. (n.d.). ...
  • Miller, B. R., McGee, T. D., Swails, J. M., Homeyer, ...
  • Valdés-Tresanco, M. S., Valdés-Tresanco, M. E., Valiente, P. A., & ...
  • Ali, S., Khan, F. I., Mohammad, T., Lan, D., Hassan, ...
  • Yin, X., Zhao, Z., Yin, Y., Shen, C., Chen, X., ...
  • Obradovic, J., Todosijevic, J., & Jurisic, V. (۲۰۲۳). Side effects ...
  • نمایش کامل مراجع