تحلیل ترانسکریپتومی بافت روده جوجه های گوشتی نر برای شناسایی ژن های کلیدی و miRNA مرتبط با راندمان خوراک

بهبود بازده خوراک در پرورش جوجه های گوشتی از اهمیت اقتصادی بالایی برخوردار است. در این پژوهش، داده های ترانسکریپتومی روده جوجه های گوشتی نر با بازده خوراک بالا (HFE) و پایین (LFE)، حاصل از دو پلتفرم ریزآرایه و RNA-Seq، به صورت ادغامی در سطح داده های خام تحلیل شدند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی ژن ها، miRNAهای تنظیم کننده و مسیرهای مشترک مرتبط با بازده خوراک از راه یکپارچه سازی داده ها بر مبنای متغیر فنوتیپی بازده خوراک انجام شد. تحلیل داده ها در محیط R انجام شد و ژن های با بیان متفاوت با استفاده از بسته limma و بر اساس معیارهای |logFC| ≥ ۱.۵ و ۰۵/۰>P انتخاب شدند. تحلیل شبکه ژنی، ژن های RPL۱۵، RPS۲۴، COX۷C، NDUFS۶، SDHB، ATP۵PD و NDUFAB۱ را به عنوان ژن های هاب معرفی کرد که عمدتا در مسیرهای فسفریلاسیون اکسیداتیو، چرخه اسید سیتریک و سوخت و ساز انرژی نقش دارند. همچنین، gga-let-۷g-۳p به عنوان miRNA تنظیم کننده برتر شناسایی شد. این نتایج، نقش هماهنگ سوخت و ساز انرژی و تنظیم بیان ژن در تعیین بازده خوراک روده طیور را برجسته کرده و مبنایی برای توسعه نشانگرهای مولکولی کاربردی فراهم می سازد.

کلیدواژه ها:

بازده خوراک ، بیان ژن ، تحلیل ترانسکریپتومی ، شبکه تعامل ژن ، هستی شناسی ژن