ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

آنالیز شبکه همبستگی ژن های پاسخ دهنده به تنش شوری در گیاه Suaeda salsa

محل انتشار: مجله ایمنی زیستی، دوره: 17، شماره: 1
سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 30

فایل این مقاله در 15 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2572156

شناسه ملی سند علمی:

JR_OFBIO-17-1_005

تاریخ نمایه سازی: 20 اسفند 1404

چکیده مقاله:

تنش شوری یکی از مهترین تنش های غیرزیستی است که منجر به خسارات قابل توجهی در تولید محصولات کشاورزی به ویژه در مناطق خشک و نیمه خشک می شود. به منظور شناسایی ژن های کلیدی درگیر در تحمل به شوری، Suaeda slsa با ظرفیت سازگاری با سطوح شوری بالا، در سطح ترنسکریپتوم مورد بررسی قرار گرفت. توالی یابی RNA، در سطوح شوری ۰، ۲۰۰، ۴۰۰ و ۸۰۰ میلی مولار توصیف کارآمدی را از پروفایل بیان ژن ها، در طول تنش نشان داد. با این حال، این بررسی ها معمولا بر غربالگری ژن ها با بیان متفاوت تمرکز می کنند و میزان همبستگی بین ژن های درگیر در تنش شوری را مورد بررسی قرار نمی دهند. بنابراین در این تحقیق، شبکه همبستگی ۵۰ ژن کاندیدای پاسخ دهنده به تنش شوری باlogFC>۲ درمقایسه با شاهد مورد بررسی قرار گرفت. شبکه همبستگی حاصل از ۸۴۸ برهمکنش ژنی نشان داد که این ژن ها می توانند در سه کلاستر طبقه بندی شوند. آنالیز هستی شناسی و مسیر های عملکردی ژن ها با استفاده از پایگاه داده KEGG نشان داد متابولیسم گلی اگزالات و دی کربوکسیلات تنها مسیر غنی شده در پاسخ به تنش شوری است.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

شیما جمالی راد

Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Zanjan University, Zanjan, Iran

محمد رضا عظیمی

Department of Plant Production and Genetics, Faculty of Agriculture, Zanjan University, Zanjan, Iran

محمد رضا غفاری

Department of System Biology, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran(ABRII), Karaj, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abdellaoui R, Elkelish A, El-Keblawy A, Mighri H, Boughalleb F, ...
  • Aslam M, Greaves JG, Jakada BH, Fakher B, Wang X, ...
  • Banik S, Dutta D. ۲۰۲۳. Membrane proteins in plant salinity ...
  • Bano N, Fakhrah S, Mohanty CS, Bag SK. ۲۰۲۲. Transcriptome ...
  • Chen C, Li Y, Zhang H, Ma Q, Wei Z, ...
  • Cheong YH., Kim KN, Pandey GK, Gupta R, Grant JJ, ...
  • Cohen R, Havlin S. ۲۰۱۰. Complex networks: Structure, robustness and ...
  • Farhadian M, Rafat SA, Panahi B, Mayack C. ۲۰۲۱. Weighted ...
  • Gokce A, Sekmen Cetinel AH, Turkan I. ۲۰۲۴. Involvement of ...
  • Grennan KS, Chen C, Gershon ES, Liu C. ۲۰۱۴. Molecular ...
  • Grigore MN, Vicente O. ۲۰۲۳. Wild halophytes: tools for understanding ...
  • Guo J, Song J, Wang B. ۲۰۲۱. Adaptation of the ...
  • Haas BJ, Papanicolaou A, Yassour M, Grabherr M, Blood PD, ...
  • Hernández JA. ۲۰۱۹. Salinity tolerance in plants: trends and perspectives. ...
  • Hosseini SS, Ramezanpour SS, Soltanloo H, Seifati SE. ۲۰۲۳. RNA-seq ...
  • Huang Y, Liu L, Hu H, Tang N, Shi L, ...
  • Hunter K, Kimura S, Rokka A, Tran HC, Toyota M, ...
  • Imtiaz K, Ahmed M, Annum N, Tester M, Saeed NA. ...
  • Jamalirad S, Azimi MR, Khoshkholgh Sima NA, Zeinalabedini M, Karimi ...
  • Karami M, Fatahi N, Lohrasebi T, Razavi K. ۲۰۲۲. RAV ...
  • Kleyer M, Trinogga J, Cebrián-Piqueras MA, Trenkamp A, Flojgaard C, ...
  • Li B, Dewey CN. ۲۰۱۱. RSEM: accurate transcript quantification from ...
  • Li J, Liu M. ۲۰۱۹. Biological features and regulatory mechanisms ...
  • Li L, Wang J, Qian C, Zhang C, Wang H, ...
  • Li C, Chen L, Fan Q, He P, Wang C, ...
  • Ling Z, Zhike Z, Shuanquan L, Tingting Z, Xiangchui Y. ...
  • Luo YX, Chen SK, Wang PD, Peng D, Zhang X, ...
  • Ma G, Zhang Y, Li X. ۲۰۲۴. Overexpression of OsDUF۶ ...
  • Meng X, Zhou J, Sui N. ۲۰۱۸. Mechanisms of salt ...
  • Neto JCR, Vieira LR, de Aquino Ribeiro JA, de Sousa ...
  • Proulx SR, Promislow DEL, Phillips PC. ۲۰۰۵. Network thinking in ...
  • Rahman MM, Mostofa MG, Keya SS, Siddiqui MN, Ansary MMU, ...
  • Simão FA, Waterhouse RM, Ioannidis P, Kriventseva EV, Zdobnov EM. ...
  • Song J, Wang B. ۲۰۱۵. Using euhalophytes to understand salt ...
  • Sun H, Liu R, Qi Y, Gao H, Wang X, ...
  • Toubiana D, Sade N, Liu L, Wilhelmi M, Brotman Y, ...
  • Wang F, Zhou Z, Zhu L, Gu Y, Guo B, ...
  • Wang Z, Liu K. ۲۰۲۴. Effect of intertidal vegetation (Suaeda ...
  • Wei L, Feng L, Liu Y, Liao W. ۲۰۲۲. Mitogen-activated ...
  • Xiaolin Z, Baoqiang W, Xian W, Xiaohong W. ۲۰۲۲. Identification ...
  • Xie Z, Nolan TM, Jiang H, Yin Y. ۲۰۱۹. AP۲/ERF ...
  • Yi G, Sze SH, Michael R. ۲۰۰۷. Identifying clusters of ...
  • Yin W, Hu Z, Hu J, Zhu Z, Yu X, ...
  • Yin R, Chen L, Deng P, Cao X, Xu X. ...
  • Zainal-Abidin RA, Harun S, Vengatharajuloo V, Tamizi AA, Samsulrizal NH. ...
  • Zeng N, Zhang N, Ma X, Wang Y, Zhang Y, ...
  • Zhang Y, Li D, Zhou R, Wang X, Dossa K, ...
  • Zheng B, Wang S, Wu H, Ma X, Xu W, ...
    • نمایش کامل مراجع