ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

بررسی تنوع سیستم های CRISPR-Cas در باکتری کلستریدیوم بوتولینوم با استفاده از رویکرد کاوش ژنی

محل انتشار: مجله ایمنی زیستی، دوره: 16، شماره: 4
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 71

فایل این مقاله در 18 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2572138

شناسه ملی سند علمی:

JR_OFBIO-16-4_002

تاریخ نمایه سازی: 20 اسفند 1404

چکیده مقاله:

سیستم تکرارهای کوتاه پالیندرومیک خوشه ای منظم و پروتئین مرتبط با آن یا CRISPR-Cas اهداف ژنتیکی ارزشمندی برای تجزیه و تحلیل فیلوژنی باکتری ها در مطالعات همه گیری شناسی محسوب می شوند. در این مطالعه داده­ های ژنومی ۸۰۰ توالی سویه های کلستریدیوم بوتولینوم از پایگاه داده مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) جمع آوری و حضور و تنوع سیستم های CRISPR-Cas کامل و توالی های فاصله انداز و تکرارهای آن در ژنوم های ثبت شده برای این باکتری­ ها با روش In-silico ارزیابی شد. همچنین ساختارهای ثانویه توالی های تکراری بر اساس الگوریتم حداقل انرژی آزاد (MFE) پیش بینی شد. بر اساس نتایج، از مجموع ۵۲۶ ژنوم با آرایه CRISPR-Cas کامل، تعداد ۳۰۶ سویه (۵۸درصد) دارای ژن­ های Cas بودند. زیرگروه های I-B، I-D، II-C، III-D و III-B در این آرایه ها شناسائی شد. یافته ها همچنین نشان داد که Cas ۶ پروتئین اصلی تولید شده توسط مجموعه ژن های بیان کننده در سیستم های CRISPR-Cas مورد مطالعه است و پروتئین های متنوع Cas توسط ماژول های سازگاری و تداخل در این آرایه ها تولید می شوند. طول متوسط توالی های فاصله انداز و تکرار در آرایه های  CRISPR به ترتیب ۳۵-۳۰ و ۳۶-۳۰ جفت باز بود. به علاوه، پیش بینی ساختارهای ثانویه ی توالی­ های تکراری نشان داد که زیرگروه II-C، با ساقه های بلندتر نسبت به سایر زیرگروه ها، تمایل به تشکیل ساختارهای ثانویه RNA پایدارتری دارد.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

نعیمه شیخ الاسلامی

Department of Food Hygiene, Faculty of Veterinary Medicine, Tabriz Medical Sciences, Islamic Azad University, Tabriz, Iran.

حمید میرزائی

Department of Food Hygiene, Faculty of Veterinary Medicine, Tabriz Medical Sciences, Islamic Azad University, Tabriz, Iran.

جلیل خندقی

Department of food Biotechnology, Biotechnology Research Center, Tabriz Branch, Islamic Azad University, Tabriz, Iran.

یوسف نامی

Department of Food Biotechnology, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research, Institute of Iran, Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran.

افشین جوادی

Department of Food Hygiene, Faculty of Veterinary Medicine, Tabriz Medical Sciences, Islamic Azad University, Tabriz, Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Andersen JM, Shoup M, Robinson C, Britton R, Olsen KE, ...
  • Bhatia S, Yadav SK. ۲۰۲۳. CRISPR-Cas for genome editing: Classification, ...
  • Doench JG, Hartenian E, Graham DB, Tothova Z, Hegde M, ...
  • Faure G, Makarova KS, Koonin EV. ۲۰۱۹. CRISPR–Cas: complex functional ...
  • Ghaffarian S, Panahi B. ۲۰۲۳. Investigating the diversity of phage ...
  • Hashempour-Baltork F, Hosseini H, Shojaee-Aliabadi S, Torbati M, Alizadeh AM, ...
  • Heler R, Wright AV, Vucelja M, Bikard D, Doudna JA, ...
  • Hill KK, Xie G, Foley BT, Smith TJ. ۲۰۱۵. Genetic ...
  • Hofacker IL. ۲۰۰۳. Vienna RNA secondary structure server. Nucleic acids ...
  • Jiang W, Bikard D, Cox D, Zhang F, Marraffini LA. ...
  • Karvelis T, Gasiunas G, Miksys A, Barrangou R, Horvath P, ...
  • Kuijper EJ, van den Berg RJ, Brazier JS. ۲۰۰۹. Comparison ...
  • Levy A, Goren MG, Yosef I, Auster O, Manor M, ...
  • Li W, Godzik A. ۲۰۰۶. Cd-hit: a fast program for ...
  • Lindström M, Myllykoski J, Sivelä S, Korkeala H. ۲۰۱۰. Clostridium ...
  • Lino CA, Harper JC, Carney JP, Timlin JA. ۲۰۱۸. Delivering ...
  • Makarova KS, Wolf YI, Iranzo J, Shmakov SA, Alkhnbashi OS, ...
  • Makarova KS, Aravind L, Wolf YI, Koonin EV. (۲۰۱۱). Unification ...
  • Moller AG, Liang C. ۲۰۱۷. MetaCRAST: reference-guided extraction of CRISPR ...
  • Munawar N, Ahmad A. ۲۰۲۱. CRISPR/Cas system: an introduction. CRISPR ...
  • Nami Y, Imeni N, Panahi B. ۲۰۲۱. Application of machine ...
  • Nami Y, Rostampour M, Panahi B. ۲۰۲۳. CRISPR-Cas systems and ...
  • Negahdaripour M, Nezafat N, Hajighahramani N, Rahmatabadi SS, Ghasemi Y. ...
  • Nussenzweig PM, Marraffini LA. ۲۰۲۰. Molecular mechanisms of CRISPR-Cas immunity ...
  • O'Connell MR. ۲۰۱۹. Molecular mechanisms of RNA targeting by Cas۱۳-containing ...
  • Panahi B, Dehganzad B, Nami Y. ۲۰۲۳. CRISPR-Cas systems feature ...
  • Pursey E, Dimitriu T, Paganelli FL, Westra ER, van Houte ...
  • Rossetto O, Pirazzini M, Montecucco C. ۲۰۱۴. Botulinum neurotoxins: genetic, ...
  • ShariatN., Dudley EG. ۲۰۱۴. CRISPRs: molecular signatures used for pathogen ...
  • Skarin H, Håfström T, Westerberg J, Segerman B. ۲۰۱۱. Clostridium ...
  • Smith TJ Hill KK, Raphael BH. ۲۰۱۵. Historical and current ...
  • Tamulaitis G, Venclovas Č, Siksnys V. ۲۰۱۷. Type III CRISPR-Cas ...
  • Yadav G, Singh R. ۲۰۲۲. In silico analysis reveals the ...
  • Yang L, Li W, Ujiroghene OJ, Yang Y, Lu J, ...
  • Zhang H, Li Z, Xiao R, Chang L. ۲۰۲۰. Mechanisms ...
  • Zhang Q, Ye Y. ۲۰۱۷. Not all predicted CRISPR–Cas systems ...
    • نمایش کامل مراجع