بررسی تنوع اهداف فاژی و پلاسمیدی سیستم CRISPR/Cas در جنس لوکونوستوک با استفاده از رویکرد In-silico
محل انتشار: مجله ایمنی زیستی، دوره: 16، شماره: 1
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 115
فایل این مقاله در 22 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_OFBIO-16-1_002
تاریخ نمایه سازی: 20 اسفند 1404
چکیده مقاله:
باکتری های جنس Leuconostoc جزئی از میکروفلور طبیعی اغلب مزارع کشاورزی و محصولات تخمیری هستند. آلودگی توسط انواع دی.ان.ای مهاجم خارجی منجر به شکست فرآیند تخمیر می شود. سیستم CRISPER/Cas از اجزای اصلی سیستم ایمنی باکتری ها است. در این مطالعه مسیر تکاملی سویه های مختلف جنس لوکونوستوک بر مبنای وقایع ترکیب، حذف و اضافه شدگی توالی های فاصله انداز تحت شرایط فشار انتخابی ارزیابی و تنوع فاژها و پلاسمیدهای مهاجم هدف قرار داده شده توسط سیستم CRISPER/Cas سویه های جنس Leuconostoc مطالعه شد. بیشترین تشابه از نظر ترکیب توالی تشکیل دهنده فاصله انداز ها و وقایع اضافه شدگی و حذف در فاصله انداز ها در دو گونه Leuconostoc pseudomesentriodes و Leuconostoc gelidum مشاهده شد. تعداد ۴۵ فاصله انداز از سویه AMKR۲۱ گونه L. gelidum فاژ Alteromonas phage JH۰۱ را هدف قرار دادند که بیشترین میزان تطابق با فاژها بود. همچنین بیشترین تعداد انواع فاژ دارای تطابق، مربوط به فاژهای Escherchia phage بود. در مورد هدف گیری پلاسمیدهای مهاجم، ۱۷۷ مورد هدف گیری پلاسمیدهایی از Leuconostoc citreum توسط سویه NBRC۱۱۳۲۴۶ گونه L. gelidum شناسایی شد که بیشترین میزان مطابقت در بین سویه های مختلف بود. نتایج این مطالعه اهمیت سیستم های ایمنی تطبیقی باکتریایی در پایداری در محیط های حاوی باکتریوفاژ و نیز بهره برداری از این اطلاعات در تعریف فرمولاسیون های کاربردی را آشکار کرد.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
سارا غفاریان
۱- Assistant Professor, Department of Cellular and Molecular Biology, Faculty of Sciences, Azarbaijan Shahid Madani University, Tabriz, Iran.
بهمن پناهی
۲- Assistant Professor, Department of Genomics, Branch for Northwest & West region, Agricultural Biotechnology Research Institute of Iran (ABRII), Agricultural Research, Education and Extension Organization (AREEO), Tabriz, Iran.
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
