مطالعه بیان افتراقی ژن های بافت مجرای تخمدان در فاز فولیکولی مرتبط با باروری در بز با استفاده از داده های ترانسکریپتومی

تخمدان ها، اندام های تولیدمثلی مهمی در پستانداران ماده هستند که مستقیما بر چرخه فحلی و توانایی های تولیدمثلی تاثیر می گذارند. هدف این پژوهش، شناسایی ژن های مرتبط با تخمدان در بز نژاد یونشانگ، شامل دو گروه با میزان باروری پایین و باروری بالا و تجزیه هستی شناسی ژن های شاخص به­منظور شناسایی مسیرهای متابولیکی و فعالیت های مولکولی دخیل در مراحل آبستنی است. در این مطالعه، ترانسکریپتوم توالی mRNA  ۱۲ نمونه از بافت مجرای تخمدان بزهای سه ساله نژاد بز سیاه یونشانگ از پایگاه اطلاعاتی NCBI  استخراج و ذخیره شد. پیش پردازش داده ها با استفاده از نرم افزارهای FastQC  و Trimmomatic  انجام شد. تجزیه بیان افتراقی ژن ها با استفاده از بسته نرم افزاری Cufflinks  و تجزیه هستی شناسی ژن ها با کمک پایگاه های دادهDAVID  وGENECARD  صورت گرفت. در نهایت، ۶۹۰۰۵ شناسه ژن روی ترانسکریپتوم دو گروه شناسایی شد، تنها ژن هایی با  log۲ fold change ≥ ±۳  و q-value < ۰.۰۵  به­عنوان ژن های شاخص، انتخاب شدند که شامل ۲۲ ژن بود. بیشترین میزان بیان در ژن های LGALS۱۵، LGALS۱۶، U۱ و XLOC_۰۳۵۳۳ مشاهده شد. شاخص ترین ژن از نظر میزان بیان در هر دو گروه، شناسه ژن،XLOC_۰۱۹۳۴۳  است که در گروه باروری پایین تر، بیشتر بیان شده، اما در پایگاه های اطلاعاتی فاقد نام اختصاصی است. بیشترین بیان در گروه با باروری بالا مربوط به ژنXLOC_۰۳۵۳۳  و در گروه با باروری پایین مربوط به ژن های LGALS۱۵،LGALS۱۶  وU۱  است که بالاترین تفاوت بیان را نیز نشان دادند. این ژن ها در فرآیندهایی مانند بازسازی آندومتر، لانه گزینی جنین، تشکیل جفت و سازگاری ساختاری و عملکردی مرتبط با فرآیندهای تولیدمثلی نقش دارند.

کلیدواژه ها:

باروری ، بز ، داده های ترانسکریپتومی ، فاز فولیکولی ، مجرای تخمدان