تحلیل شبکه ژنی برای شناسایی ژن های هاب و مسیرهای زیستی مرتبط با پیشرفت سرطان پستان با استفاده از آنالیز بیوانفورماتیکی

مقدمه: فرآیند مولکولی تومورزایی در سرطان پستان به طور کامل شناخته نشده است و شناسایی ژن های مربوط به آن، مکانیسم های مولکولی اولیه سرطان را روشن می سازد. هدف این مطالعه، شناسایی ژن هایی با بیان متفاوت دخیل در بیماری زایی و پیش آگهی سرطان پستان از طریق آنالیز بیوانفورماتیک است. روش بررسی: مجموعه داده های GSE۴۵۸۲۷، GSE۶۵۱۹۴، و GSE۴۲۵۶۸ از قسمت Gene Expression Omnibus در پایگاه داده NCBI جهت شناسایی ژن های با بیان متفاوت دانلود و آنالیز شدند. هستی شناسی و مسیر ژنی در KEGG  نیز مورد مطالعه قرار گرفت. سپس برهمکنش پروتئین-پروتئین توسط پایگاه داده STITCH رسم و با استفاده از افزونه MCODE در نرم افزار Cytoscape تحلیل شد. سطح بیان ژن های هاب با استفاده از UALCAN و Kaplan-Meier plotter آنالیز و سپس با استفاده از CTD شبکه تعاملی ژن-دارو ایجاد شد. یافته ها: در مجموع ۵۹۹ ژن ها با بیان متفاوت انتخاب و چهار ژن هاب با بیشترین تعامل در شبکه، به کمک پایگاه داده GTEx  شناسایی شدند. نتایج نشان داد که NDE۱، RAD۲۱، ZWILCH و ZWINT ممکن است ژن های کلیدی در مسیرهای چرخه سلولی، P۵۳، PI۳K-Akt و AMPK و پیشرفت سرطان پستان باشند. نتیجه گیری: با توجه به نقش کلیدی چهار ژن هاب در مسیرهای اساسی و شناخته شده سرطان پستان، این ژنها می توانند به عنوان نشانگرهای زیستی بالقوه با ارزش پیش آگهی و اهداف درمانی نوین در نظر گرفته شوند. درک بهتر این ژن ها و مسیرها می تواند به جلوگیری از پیشرفت سرطان پستان کمک کند. بنابراین تحقیقات بیشتری در این زمینه مورد نیاز است.

کلیدواژه ها:

Bioinformatics ، Biomarkers ، Breast Cancer ، Gene Expression ، Gene Expression Omnibus (GEO) ، Survival ، سرطان پستان ، GEO ، بیان ژن ، بیوانفورماتیک ، بقا ، نشانگرهای زیستی