بررسی برهمکنش ترکیبات گیاهی دارویی علیه پروتئاز Mpro در گونه های ویروس SARS-CoV-۲

مقدمه:  بیماری کرونا (COVID-۱۹) یک بیماری عفونی است که توسط ویروس SARS-CoV-۲ ایجاد می­شود. شناسایی ترکیبات گیاهی مفید و به کارگیری آن­ها جهت هدف­ گیری پروتئین­ های مهم دخیل در آلوده سازی و تکثیر ویروس کرونا، گزینه ­ای کارآمد در مبارزه علیه این بیماری محسوب می­شود. هدف از این پژوهش بررسی برهمکنش ترکیبات گیاهی دارویی بومی علیه پروتئازMpro گونه ­های مختلف ویروس SARS -COV۲ و تعیین و ارزیابی ترکیب نهایی با روش HPLC بود. روش کار: ساختار سه بعدی پروتئاز Mpro از بانک داده PDB به دست آمد. ترکیبات مختلف ضدویروسی گیاهی از پایگاه­ های داده و مقالات مختلف گردآوری شد. داکینگ مولکولی با استفاده از AutoDock Vina انجام شد. با استفاده از سرورهای مختلف ویژگی­ ها و خصوصیات ترکیبات منتخب بررسی شد. جهش­ زایی برای آمینواسید متیونین ۴۹ انجام و ساختار جدید سه بعدی پروتئین Mpro در گونه های مختلف ویروس مدل­سازی شد. آنالیز داکینگ برای چهار ترکیب منتخب به لحاظ انرژی اتصال انجام شد. شبیه­ سازی دینامیک مولکولی (MD) برای بررسی پایداری ساختار نهایی و HPLC برای ارزیابی حضور ترکیب موثره در گیاه موردنظر انجام شد. یافته ها: نتایج داکینگ نشان داد ترکیب Cyanidin-۳ ۵-di-o-glucoside به لحاظ مجموع انرژی اتصال برای مهار Mpro مطلوب است. خصوصیات فارماکوکینتیک این ترکیب تعیین شد. نتایج MD نشان داد کمپلکس Mpro-Cyanidin-۳ ۵-di-o-glucoside  دارای ثبات است. با روش HPLC تایید شد که  Cyanidin-۳ ۵-di-o-glucoside در عصاره انار ایرانی موجود است. نتیجه گیری: ترکیب  Cyanidin-۳ ۵-di-o-glucoside که در عصاره انار بومی ایران یافت می­شود می تواند با میل اتصال بالایی به Mpro متصل شده و آن را مهار کند و به ­عنوان دارویی که مستقیم بر ویروس کرونا تاثیر بگذارد مورد ارزیابی قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

Mpro Protein ، Coronavirus ، Native plants ، Molecular docking ، Molecular dynamics ، Mpro ، کرونا ، گیاهان بومی ، داکینگ مولکولی ، شبیه سازی دینامیک مولکولی