کارآیی فن آوری تعیین ژنوتیپ از طریق توالی یابی و مقایسه آن با آرایه ی چندشکلی تک نوکلئوتیدی در یک جمعیت مرغ نسل دو

پژوهش گران حوزه ژنوم در بخش طیور انواع گسترده ای از فناوری ها را برای جمع آوری اطلاعات ژنتیکی در اختیار دارند. این فناوری ها که عبارت از آرایه های چندشکلی تک نوکلئوتیدی مرغ و تعیین ژنوتیپ مبتنی بر توالی یابی هستند، بسته به اهداف مطالعه می تواند استفاده های مختلفی داشته باشند. هدف از مطالعه حاضر، مقایسه ی نتایج حاصل از توالی یابی یک جمعیت F۲ حاصل از تلاقی دو طرفه پرنده های بومی ارومیه و یک لاین تجاری گوشتی آرین با استفاده از فن آوری های توالی یابی و آرایه K۶۰ بود. در فن آوری توالی یابی، ۸۸۲۹۱۸ نشان گر شناسایی شد که ۸۱۵۶۱۳ آن ها (۴۰/۹۲ درصد)  مربوط به کروموزوم های ۱ تا ۲۸ بودند. در این فن آوری، کروموزوم ۱ بیشترین و کروموزوم W کم ترین تعداد نشان گر را داشتند. در فن آوری آرایه، تعداد ۵۱۳۴۷ نشان گر بر روی کروموزوم های ۱ تا ۲۸ پراکنده بودند و کروموزوم ۱ بیشترین و کروموزوم ۱۶ کم ترین تعداد نشان گر را نشان داد. داده های حاصل از فن آوری توالی یابی، تعداد نشان گر و بلوک های هاپلوتایپی بیشتری نسبت به آرایه ی ۶۰ کیلوبازی شناسایی کرد. میزان عدم تعادل پیوستگی در فواصل فیزیکی ۱۰ کیلوباز، ۱۰۰ کیلوباز و ۱۰۰۰ کیلوباز در فن آوری توالی یابی نسبت به آرایه ی ۶۰ کیلوباز کم تر بود. تنوع زیاد نشان گرها در داده های ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی موجب شد ساختارهای جمعیتی و خویشاوندی یکنواختی ایجاد شود. همچنین، علاوه بر عملکرد بالا در شناسایی نشان گرها، فن آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی، هزینه های تعیین ژنوتیپ به ازای هر نمونه را نیز کاهش داد، بنابراین، به نظر می رسد استفاده از فن آوری ژنوتیپ کردن از طریق توالی یابی بتواند جایگزین مناسبی برای فن آوری آرایه ی K۶۰ در مطالعات پویش ژنوم در جمعیت های مرغ شود.

کلیدواژه ها:

ژنوتیپ کردن از طریق توالییابی ، چند شکلی تک نوکلئوتیدی ، مرغهای جمعیت F۲