بررسی نظری و تجربی جهشهای جدید در پپتید هیستاتین ۳ به منظور افزایش خاصیت ضد میکروبی آن

یکی از بحران های آینده نزدیک بشریت همه گیری بیماری های عفونی بعلت مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری ها است. پپتیدهای خانواده هیستاتین دارای خصوصیت ضدمیکروبی علیه سویه‎ های مقاوم به دارو و التیام زخم می باشند. در این پژوهش، ابتدا پپتید هیستاتین۳ توسط برنامه گرومکس ۵ به مدت ۵۰ نانوثانیه در حضور آب و یون ها و همچنین در حضور میسل SDS به عنوان مدل غشا باکتری شبیه سازی پویایی مولکولی شد. سپس به منظور افزایش خاصیت ضد باکتری، هشت جهش مختلف در این پپتید طراحی و ساختارآنها تهیه شد و هرکدام با همان شرایط قبل در حضور آب و در حضور آب و میسل SDS بطور جداگانه شبیه سازی پویایی مولکولی شدند و انرژی آزاد اتصال پپتیدها با میسل SDS با روش MM/PBSA محاسبه شد. در نهایت ۹۵۰ نانوثانیه شبیه سازی پویایی مولکولی در شرایط ذکر شده نشان داد که جهش ترکیبی D۱A-G۹W دارای منفی ترین انرژی آزاد اتصال به میسل SDS است. نتایج بررسی های آزمون های میکروبی MIC این جهش برروی باکتری های گرم مثبت و گرم منفی، نشان از افزایش خاصیت ضدمیکروبی آن برروی باکتری های گرم مثبت داشت.

کلیدواژه ها:

Antimicrobial peptides ، Molecular Dynamics simulation ، MIC test ، mutation ، MM/PBSA binding energy ، آزمون MIC ، انرژی اتصال MM/PBSA ، پپتیدهای ضدمیکروبی ، جهش ، شبیه سازی پویایی ملکولی