Genetic variation among different populations of Centaurea virgata from Iran using start codon targeted (SCoT) markers

سال انتشار: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: انگلیسی
مشاهده: 49

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_ROST-25-2_005

تاریخ نمایه سازی: 9 دی 1403

چکیده مقاله:

The aim of the present study is the identification of the genetic variation of Centaurea virgata (Asteraceae) through start codon targeted (SCoT) markers. Forty-two specimens of said species were collected from ۱۱ different regions of Iran. Ten primers revealed ۱۳۱ amplifications ranging from ۲۰۰ bp to ۳ kbp, of which ۱۰۲ (۷۷.۸۶%) were polymorphic. Polymorphism information content (PIC) ranged from ۰.۳۷ to ۰.۵۰ with an average of ۰.۴۳, effective multiplex ration (EMR) from ۱ to ۴.۱۱ and marker index (MI) from ۰.۰۰۶ to ۰.۵۹. Based on the analysis of molecular variance (AMOVA), the genetic variation within populations (۷۲%) was higher than that of those among populations (۲۸%). Overall, the highest mean for Nei’s gene diversity (۰.۱۸), Shannon index (۰.۲۷) and percentage of polymorphic loci (۴۷.۸۳) were observed in W. Azarbaijan populations, similarly the highest mean of total heterozygosity (HT) and subpopulation heterozygosity (HS) were found to be ۰.۱۸ and ۰.۰۷ in W. Azarbaijan and Golestan populations, respectively. The high genetic differentiation (GST = ۱) showed significant genetic variation in Razavi Khorasan, N. Khorasan, Kurdistan, and Hamedan populations. Neighbor-Joining and population structure analysis divided C. virgata populations into six main clusters. The current study showed that, SCoT marker was efficient in assessing the genetic variation among different populations of the studied species.

نویسندگان

الهه قاسمی

MSc Graduate in Biochemistry, Department of Cell and Molecular Biology, Faculty of Chemistry, University of Kashan, Kashan, Iran

زینب طلوعی

Assistant Prof., Department of Cell and Molecular Biology, Faculty of Chemistry, University of Kashan, Kashan, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Abd-dada, H., Bouda, S., Khachtib, Y. Bella, Y.A. & Haddioui, ...
  • Adhikari, S., Biswas, A., Saha, S., Bandyopadhyay, T.K. & Ghosh, ...
  • Agarwal, M., Shrivastava, N. & Padh, H. ۲۰۰۸ Advances in ...
  • Atasagun. B. ۲۰۲۲. Assessment of the genetic diversity of a ...
  • Atia, M.A.M., El-Moneim, D.A., Abdelmoneim, T.K., Reda, E.H., Shakour, Z.T.A., ...
  • Bassin, S., Kölliker, R., Cretton, C., Bertossa, M., Widmer, F., ...
  • Burridge, A.J., Winfield, M., Przewieslik-Allen, A., Edwards, K.J., Siddique, I., ...
  • Collard, B.C.Y. & Mackill, D.J. ۲۰۰۹. Start codon targeted (SCoT) ...
  • Essa, N.M., Ibrahim, A.A. & Soliman, M.I. ۲۰۲۴. Association study ...
  • Etminan, A., Pour-Aboughadareh, A., Noori, A., Ahmadi-Rad, A., Shooshtari, L., ...
  • Evanno, G., Regnaut, S. & Goudet, J. ۲۰۰۵. Detecting the ...
  • Falush, D., Stephens, M. & Pritchard, J.K. ۲۰۰۳. Inference of ...
  • Ferriol, M., Garmendia, A., Ruiz, J.J., Merle, H. & Boira, ...
  • ۸۶–۱۰۰. DOI: ۱۰.۱۰۸۰/۱۱۲۶۳۵۰۴.۲۰۱۲.۷۲۷۸۷۸ ...
  • Freville, H., Justy, F. & Olivieri, I. ۲۰۰۱. Comparative allozyme ...
  • Funk, V.A., Bayer, R.J., Keeley, S., Chan, R., Watson, L., ...
  • Garcia-Jacas, N., Susanna, A., Mozaffarian, V. & Ilarslan, R. ۲۰۰۰. ...
  • Intraspecific variations and biological relationships of different populations of Centaurea virgata Lamark (Asteraceae) in Iran [مقاله ژورنالی]
  • Gulsen, O., Sever-Mutlu, S., Mutlu, N., Tuna, M., Karaguzel, O., ...
  • Hellwig, F.H. ۲۰۰۴. Centaureinae (Asteraceae) in the Mediterranean-history of ecogeographical ...
  • Huang, W., Zhao, X., Li, Y. & Lian, J. ۲۰۱۶. ...
  • Ismail, R.Y., Muhammed, J.J. & Sinjare, D.Y. ۲۰۲۴. Phylogenetic study ...
  • Jedrzejczyk, I. ۲۰۲۰. Genome size and SCoT markers as tools ...
  • Jèssica, R., López-Pujol, J., Carnicero, P., Susanna, A. & Garcia-Jacas, ...
  • Kader, A., Sinha, S.N. & Ghosh, P. ۲۰۲۳. ISSR markers ...
  • Kazemeini, F., Asri, Y., Mostafavi, G., Kalvandi, R. & Mehregan, ...
  • Khanam, S., Sham, A., Bennetgen, J.L. & Mohammed, A.M.A. ۲۰۱۲. ...
  • Lopez, L. & Barreiro, R. ۲۰۱۳. Genetic guidelines for the ...
  • López-Vinyallonga, S., López-Pujol, J., Constantinidis, T., Susanna, A. & Garcia-Jacas, ...
  • Lovejoy, T.E & Hannah, L.J. ۲۰۰۵. Climate Change and Biodiversity, ...
  • Mallón, R., Rodríguez-Oubiña, J. & González, M.L. ۲۰۱۰. In vitro ...
  • Mameli, G., Filigheddu, R., Binelli, G. & Meloni, M. ۲۰۰۸. ...
  • Moreyra, L.D., Márquez, F., Susanna, A., Garcia-Jacas, N., Vázquez, F.M. ...
  • Mukhopadhyay, M., Mondal, T.K. & Chand, P.K. ۲۰۱۶. Biotechnological advances ...
  • Nei, M. & Li, W.H. ۱۹۷۹. Mathematical model for studying ...
  • Novakovi´c, J., Jana´ckovi´c, P., Susanna, A., Lazarevi´c, M., Borši´c, I., ...
  • Nurmansyah Alghamdi, S.S., Migdadi, H.M., Khan, M.A. & Afzal, M. ...
  • Page, R.D. ۱۹۹۶. Tree View: an application to display phylogenetic ...
  • Peakall, R. & Smouse, P.E. ۲۰۱۲. GenAlEx ۶.۵: genetic analysis ...
  • Plants of the World Online (POWO). Facilitated by the Royal ...
  • on the Internet, cited ۵ Aug. ۲۰۲۴]. https://powo.science.kew.org/taxon/urn:lsid:ipni.org:names:۳۳۰۰۴۵-۲ ...
  • Pritchard, J.K., Stephens, M. & Donnelly, P. ۲۰۰۰. Inference of ...
  • Quinones-Perez, C.Z., Saenz Romero, C. & Wehenkel, C. ۲۰۱۴. Genetic ...
  • Rai, MK. ۲۰۲۳. Start codon targeted (SCoT) polymorphism marker in ...
  • Rechinger, K.H. ۱۹۸۷. Flora iranica: Akademische Druck-u. Verlagsanstalt: Graz ...
  • Doyle, J.J. & Doyle, J.L. ۱۹۸۷. A rapid DNA isolation ...
  • Samarina, L.S., Malyarovskaya, V.I., Reim, S., Yakushina, L.G., Koninskaya, N.G., ...
  • Serrote, C.M.L., Reiniger, L.R.S., Silva, K.B., Rabaiolli, S.M.D.S. & Stefanel, ...
  • Smith, J.S.C., Chin, E.C., Shu, H., Smith, O.S., Wall, S.J., ...
  • Sözen, E. & Özaydın, B. ۲۰۰۹. A preliminary study on ...
  • Botanici Fennici ۴۶(۶): ۵۴۱–۵۴۸. DOI: ۱۰.۵۷۳۵/۰۸۵.۰۴۶.۰۶۰۶ ...
  • Sozen, E. & Ozaydin, B. ۲۰۱۰. A study of genetic ...
  • Swofford, D.L. ۲۰۰۳. PAUP*. Phylogenetic Analysis Using Parsimony (*and Other ...
  • Uysal, T., Özel, E., Bozkurt, M. & Ertuğrul, K. ۲۰۱۲. ...
  • Wang, H., Bai, Y. & Biligetu, B. ۲۰۲۴. Effects of ...
  • Wolanin, M., Klichowska, E., Jedrzejczyk, I., Rewers, M. & Nobis, ...
  • Wu, K., Liu, Y., Yang, B., Kung, Y., Chang, K. ...
  • Yeh, F.C. & Boyle, T.J.B. ۱۹۹۷. Population genetic analysis of ...
  • نمایش کامل مراجع