تعیین پروتئین های واسط در شبکه تعامل پروتئین-پروتئین با در نظر گرفتن بیماری های شایع در پروتئین های مون لایت

سال انتشار: 1401
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 87

فایل این مقاله در 10 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

JR_BIOT-13-2_007

تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403

چکیده مقاله:

پروتئین های مون لایت یک زیر کلاس از پروتئین های چند عملکردی می باشند که در آن ها بیش از یک عملکرد مستقل یا معمولا متمایز در یک زنجیره پلی پپتیدی منفرد رخ می دهد. با تحلیل شبکه های تعاملی پروتئین ها در سلول، می توان درک کرد که چگونه فرایندهای پیچیده باعث بیماری می شوند. به کمک زیست شناسی سیستم ها، می توان سیستم های بزرگ تر و پیچیده تر را مطالعه کرد و به اساس مولکولی چند بیماری توجه داشت. پروتئین های ارگانیسم انسان که مون لایت هستند بیشتر در بیماری های سرطان، کم خونی و بیماری مرتبط با سیستم عصبی درگیر هستند. در این کار با توجه به شبکه PPI انسانی، یک زیر شبکه ایجاد شد که در آن نودها، پروتئین های ایجاد کننده سه بیماری منتخب و یال ها، ارتباط این پروتئین ها با یکدیگر می باشند. قدرت اثرات غیرمستقیم واسط های غیر بیماری بین سه گروه از بیماری ها اندازه گیری شد و پروتئین های واسط کلیدی متصل کننده بیماری ها شناسایی شدند. نتایج کار نشان دهنده ارتباط بین نقش واسط و مرکزیت و همچنین بین نقش واسط و ویژگی های عملکردی این پروتئین ها می باشد. مشاهده شد که یک پروتئین که نقش واسط کلیدی غیرمستقیم بین دو بیماری را بازی می کند، لزوما در شبکه PPI، هاب نمی باشد. بنابراین همانطور که پروتئین های هاب مورد توجه قرار می گیرند، باید پروتئین های واسط مورد توجه قرار بگیرند. ما مشاهده کردیم که واسط های بین بیماری های کم خونی و اعصاب از نظر عملکردی اهمیت زیادی در سلول دارند. پروتئین های واسطه ای که در این جا پیشنهاد شده اند، باید به صورت تجربی به عنوان پروتئین های فرضی مرتبط با بیماری آزمایش شوند

کلیدواژه ها:

protein-protein interaction network ، Moonlighting proteins ، diseases ، پروتئین های مون لایت

نویسندگان

فرشید شیرافکن

Laboratory of Bioinformatics and Drug Design, Institute of Biochemistry and Biophysics, University of Tehran, Tehran, Iran,

سجاد قرقانی

Laboratory of Bioinformatics and Drug Design, Institute of Biochemistry and Biophysics, University of Tehran, Tehran, Iran,

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Daphne H.E.W. Huberts and Ida J. van der Klei. )۲۰۱۰(. ...
  • C. J. Jeffery. (۲۰۱۸). Intracellular/surface moonlighting proteins. Biochemistry and Molecular ...
  • J. Piatigorsky and G. J. Wistow. (۱۹۸۹). Enzyme/crystallins: Gene sharing ...
  • C. Chen et al. (۲۰۱۸). MoonProt ۲.۰: An expansion and ...
  • C. J. Jeffery. (۲۰۱۵). Why study moonlighting proteins? Frontiers in ...
  • NCBI: Genes and disease. National Library of Medicine (US), NCBI ...
  • Kann MG: Protein interactions and disease: computational approaches to ...
  • uncover the etiology of diseases. Brief Bioinform ۲۰۰۷, ۸:۳۳۳-۳۴۶ ...
  • Ideker T, Sharan R: Protein networks in disease. Genome Res ...
  • Xu J, Li Y: Discovering disease-genes by topological features in ...
  • Thanh-Phuong Nguyen, Ferenc Jordán. A quantitative approach to study indirect ...
  • Müller CB, Godfray HCJ: Indirect interactions in aphid-parasitoid communities. Research ...
  • Jordàn F, Liu WC, van Veen FJF: Quantifying the importance ...
  • and their interactions in a host-parasitoid community. Community Ecology ۲۰۰۳, ...
  • Jeong H, Mason SP, Barabàsi AL, Oltvai ZN: Lethality and ...
  • Batada NN, Hurst LD, Tyers M: Evolutionary and physiological importance ...
  • Zotenko E, Mestre J, O'Leary DP, Przytycka TM: Why do ...
  • Erickson, R. P., Bodensteiner, J. B. Oro-facial-digital syndrome I ...
  • with severe microcephaly: a new variant in a genetically isolated ...
  • Diogo M Ribeiro et al. (۲۰۱۹). Moondb ۲.۰: an updated ...
  • Uhrigshardt H., Singh A., Kovtunovych G., Ghosh M., Rouault T.A.Characterization ...
  • Ki Soon Kim, Nunziata Maio, Anamika Singh, Tracey A Rouault. ...
  • Ostedgaard L.S., Baldursson O., Vermeer D.W., Welsh M.J., Robertson A.D. ...
  • Nauseef W.M., McCormick S.J., Clark R.A. .Calreticulin functions as a ...
  • Shirafkan, F., Gharaghani, S., Rahimian, K. et al. Moonlighting protein ...
  • do Valle, I.F., Roweth, H.G., Malloy, M.W. et al. Network ...
  • نمایش کامل مراجع