ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

مطالعه ی کامپیوتری ساختار دمین FK در پروتئین شبه فولیستاتین ۱

محل انتشار: فصلنامه زیست فناوری، دوره: 14، شماره: 4
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 2

فایل این مقاله در 14 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2140879

شناسه ملی سند علمی:

JR_BIOT-14-4_005

تاریخ نمایه سازی: 5 دی 1403

چکیده مقاله:

هدف: پروتئین  شبه فولیستاتین ۱ (FSTL۱) نقش مهمی در تنظیم بقای سلول، تکثیر، تمایز، مهاجرت و تعدیل سیستم ایمنی بدن برعهده دارد. دمین FK این پروتئین دارای ۱۰ باقیمانده سیستئین محافظت شده می باشد که ۵ پیوند دی سولفیدی تشکیل می دهند. با وجود مطالعات گسترده در مورد عملکرد FSTL۱، اطلاعات ساختاری محدودی از این مولکول مهم زیستی در دسترس می باشد. به نظر می رسد افزایش دانش ما در این زمینه باعث بهبود کاربردهای زیست فناوری این پروتئین مهم با ارزش بالینی شود. مواد و روش ها: با استفاده از سرور SWISS-MODEL و با استفاده از ساختار کریستالی دمین FK پروتئین FSTL۱ موش با کد (PDB: ۶jzw) به عنوان الگو، مدل های ساختاری دمین FK پروتئین FSTL۱ انسانی تهیه شد. در مرحله بعد ساختارهای حاصل با استفاده از نرم افزار Swiss-PDB Viewer ۴.۱۰،  Chimera۱.۱۲، نمودار راماچاندارن و سرور PDBSUM، از نظر فاصله دو باقی مانده سیستئین، محدوده خطای مدل سازی و تشکیل باندهای دی سولفیدی بررسی شدند. سپس شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم افزاری AMBER و با میدان نیروی ff۱۴SB انجام شد. نتایج: نتایج نشان داد که دمین FK فاقد پیوند دی سولفیدی دارای ریشه میانگین مجذور انحراف ها (RMSD) و ریشه میانگین مجذور نوسانات (RMSF) ، بالاتری از دمین FK طبیعی است. علاوه براین، شعاع ژیراسیون در دمین فاقد پیوند دی سولفیدی، بطور قابل توجهی کمتر از دمین FK طبیعی است. نتایج حاصل بیان می کند که پیوندهای دی سولفیدی دمین FK در پایداری تاخوردگی ساختاری پروتئین نقش دارد و حذف این پیوندها باعث افزایش انعطاف پذیری ساختاری این دمین می شود.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

شهربانو جعفری

PhD student in biochemistry, Department of Cell and Molecular Biology & Microbiology, Faculty of Biological Science and Technology, University of Isfahan, Isfahan, Iran

رحمان امام زاده

Associate Professor of Department of Cell and Molecular Biology & Microbiology, Faculty of Biological Science and Technology, University of Isfahan, Isfahan, Iran.

محبوبه نظری

Associate Professor of Endocrine Research Center, Institute of Endocrinology and Metabolism, Iran University of Medical Sciences, Tehran, Iran۴ Associate Professor of Nanobiotechnology Research Center, Avicenna Research Institute, ACECR, Tehran, Iran

محمدرضا گنجعلی خانی

Department of Cell and Molecular Biology & Microbiology, Faculty of Biological Science and Technology, University of Isfahan, Isfahan, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Hambrock, H. (۲۰۰۴). O, Kaufmann B, Müller S, Hanisch F, ...
  • Li, X., Li, L., Chang, Y., Ning, W., & Liu, ...
  • Johnston, I. M., Spence, H. J., Winnie, J. N., McGarry, ...
  • Kawabata, D., Tanaka, M., Fujii, T., Umehara, H., Fujita, Y., ...
  • Niekraszewicz, B., & Niekraszewicz, A. (۲۰۰۹). The structure of alginate, ...
  • Miyabe, M., Ohashi, K., Shibata, R., Uemura, Y., Ogura, Y., ...
  • Jafari, S. S., Jafarian, V., Khalifeh, K., Ghanavatian, P., & ...
  • Ni, X., Cao, X., Wu, Y., & Wu, J. (۲۰۱۸). ...
  • Mattiotti, A., Prakash, S., Barnett, P., & van den Hoff, ...
  • Chaly, Y., Blair, H. C., Smith, S. M., Bushnell, D. ...
  • Pettersen, E. F., Goddard, T. D., Huang, C. C., Couch, ...
  • Ouchi, N., Oshima, Y., Ohashi, K., Higuchi, A., Ikegami, C., ...
  • Ogura, Y., Ouchi, N., Ohashi, K., Shibata, R., Kataoka, Y., ...
  • Sumitomo, K., Kurisaki, A., Yamakawa, N., Tsuchida, K., Shimizu, E., ...
  • Trombetta-eSilva, J., & Bradshaw, A. D. (۲۰۱۲). Suppl ۱: the ...
  • Sundaram, G. M., Common, J. E., Gopal, F. E., Srikanta, ...
  • Sylva, M., Moorman, A. F. M., & Van den Hoff, ...
  • Shi, D. L., Shi, G. R., Xie, J., Du, X. ...
  • Xi, Y., Gong, D. W., & Tian, Z. (۲۰۱۶). FSTL۱ ...
  • Xu, C., Jiang, T., Ni, S., Chen, C., Li, C., ...
  • Chaly, Y., Marinov, A. D., Oxburgh, L., Bushnell, D. S., ...
  • Wu, J., Dong, Y., Teng, X., Cheng, M., Shen, Z., ...
  • Farzannia, A., Roghanian, R., Zarkesh-Esfahani, S. H., Nazari, M., & ...
  • Miyamae, T., Marinov, A. D., Sowders, D., Wilson, D. C., ...
  • Case, D. A., Cheatham, T. E., Darden, T., Gohlke, H., ...
  • Greenfield, N. J., & Pietruszko, R. (۱۹۷۷). Two aldehyde dehydrogenases ...
  • Emamzadeh, R., Nazari, M., & Najafzadeh, S. (۲۰۱۴). Adherent state ...
  • Fang, Y., Zhang, S., Li, X., Jiang, F., Ye, Q., ...
  • Chidambaram, S., Ali, D., Alarifi, S., Gurusamy, R., Radhakrishnan, S., ...
  • Alteköester, A. K., & Harvey, R. P. (۲۰۱۵). Bioengineered FSTL۱ ...
  • Mukherjee, J., & Gupta, M. N. (۲۰۱۵). Increasing importance of ...
  • Jafari, S.S., Emamzadeh, R., Nazari, M., S. Jafari., M.R., & ...
    • نمایش کامل مراجع