ریز RNAهای محافظت شده و ژن های هدف آن در Quercus infectoria

فروغ جودکی; احمد اسماعیلی; سید سجاد سهرابی; سیده زهرا حسینی; هادی احمدی

ریز RNAهای محافظت شده و ژن های هدف آن در Quercus infectoria

محل انتشار: مجله پژوهش های ژنتیک گیاهی، دوره: 10، شماره: 2

سال انتشار: 1402

نوع سند: مقاله ژورنالی

زبان: فارسی

مشاهده: 103

فایل این مقاله در 16 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

دریافت فایل کامل مقاله

صدور گواهی نمایه سازی
من نویسنده این مقاله هستم

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

https://civilica.com/doc/2128220

شناسه ملی سند علمی:

JR_PGRLU-10-2_009

تاریخ نمایه سازی: 13 آذر 1403

چکیده مقاله:

بلوط گال زا (Quercus infectoria) یکی از گونه های کمیاب با خواص دارویی کاربردی از خانواده بلوط است. مطالعات مختلف وجود متابولیت‎های ثانویه متعدد با خواص درمانی را در این درخت تایید کرده اند. با وجود اهمیت این گیاه، ساختار ژنتیکی آن مبهم باقی مانده است. بنابراین شناخت ساختار ژنتیکی این گیاه می تواند بینش ارزشمندی در مورد کاربردهای بالقوه آن در صنایع مختلف ارائه دهد. ریز RNAها یکی از مهم ترین عناصر ژنتیکی هستند که در بیوسنتز متابولیت های مهم در گونه های مختلف گیاهی نقش موثری دارند. علی رغم نقش مهم ریز RNAها در گیاهان، تا به امروز هیچ عضوی از این عناصر تنظیمی کوچک در Q. infectoria گزارش نشده است. بنابراین، در مطالعه حاضر، پس از توالی یابی و سرهم بندی نوپدید پروفایل بیانی Q. infectoria، اقدام به شناسایی ریز RNAهای محافظت شده گردید. بدین منظور از برگ و ریشه درختان بلوط گال زا در منطقه شینه قلایی و نهال های دوساله در خرم آباد نمونه برداری شد. برای استخراج RNA کل از روش Djami-Tchatchou استفاده شد. پس از توالی یابی RNA با استفاده از پلتفرم Illumina HiSeq ۲۵۰۰ و کیفیت سنجی خوانش های ایجاد شده، توالی آداپتورها حذف و خوانش های با کیفیت بالا با استفاده از بسته نرم افزاری Trinity سرهم بندی شدند. برای شناسایی ریز RNAها و ژن های هدفشان، تمام توالی های ریز RNA گیاهی از پایگاه داده miRbase دانلود شدند. الگوریتم BLASTn برای شناسایی بالاترین شباهت بین یونی ژن ها و ریز RNAهای بالغ گیاهی مورد استفاده قرار گرفت. علاوه بر این، BLASTx برای جستجوی پایگاه داده پروتئین های غیر تکراری برای حذف یونی ژن های کدکننده پروتئین استفاده شد. بررسی پیش بینی ساختار دوم ریز RNA شامل ارزیابی شباهت بین ژن های بالقوه و توالی های ریز RNA بالغ با استفاده از ابزارتحت وب mfold صورت گرفت. شناسایی ژن های هدف ریز RNA و هستی شناسی ژن به ترتیب با استفاده از ابزار تحت وب psRNAtarget و نرم افزار OmicsBox انجام شد. پس از پالایش دقیق و سختگیرانه، چهار ریز RNA متعلق به خانواده های ریز RNAهای حفاظت شده، از جمله qin-miR۱۵۶، qin-miR۳۹۹، qin-miR۱۶۰ و qin-miR۱۷۲ شناسایی شدند. تجزیه و تحلیل مسیر KEGG نشان داد که ژن های هدف در مسیر چرخه سیترات نقش دارند. بررسی ژن های هدف ریز RNAها در Q. infectoria و تجزیه و تحلیل شبکه برهم کنشی آن ها، در نهایت به شناسایی سه ژن هاب منجر شد. ژن های هدف ریز RNAهای شناسایی شده با بیوسنتز گروه های آنزیمی مختلف مرتبط بودند، که نشان می دهد اکثر ریز RNAها هیدرولازها، ترانسفرازها و اکسیدوردوکتازها را تنظیم می کنند. با توجه به نقش ریز RNAها در تنظیم بیان عوامل رونویسی و تاثیر آن ها بر ژن های دخیل در بیوسنتز متابولیت های ثانویه، می توان از پتانسیل چنین عناصر تنظیمی به عنوان راهنما و کلید در برنامه های بهنژادی بلوط گال زا بهره برد.

کلیدواژه ها:

Gall oak ، Tannin ، Secondary metabolite ، miRBase ، بلوط گال زا ، تانن ، متابولیت های ثانویه ، miRbase

نویسندگان

فروغ جودکی

Production Engineering and Plant Genetic Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

احمد اسماعیلی

Department of Plant Production and Genetic Engineering, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

سید سجاد سهرابی

Production Engineering and Plant Genetic Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

سیده زهرا حسینی

Production Engineering and Plant Genetic Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

هادی احمدی

Production Engineering and Plant Genetic Department, Faculty of Agriculture, Lorestan University, Khorramabad, Iran

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :

Aguirre, G. and Pilon, M. (۲۰۱۶). Copper delivery to chloroplast ...
Ahmad, W. (۲۰۱۶). Ethnopharmacology of Quercus infectoria Olivier galls: A ...
Ahmadi, E., Kowsari, M., Azadfar, D. and Jouzani, G.S. (۲۰۱۸). ...
Askari, F., Azadi, A., Namavar-Jahromi, B., Tansaz, M., Mirzapour Nasiri, ...
Aung, B., Gruber, M.Y. and Hannoufa, A. (۲۰۱۵). The microRNA۱۵۶ ...
Banc, R., Rusu, M.E., Filip, L. and Popa, D.-S. (۲۰۲۳). ...
Barczak-Brzyżek, A., Brzyżek, G., Koter, M., Siedlecka, E., Gawroński, P. ...
Chaves, I., Lin, Y.C., Pinto-Ricardo, C., Van de Peer, Y. ...
Clément, M., Leonhardt, N., Droillard, M.J., Reiter, I., Montillet, J.L., ...
Devis, D., Firth, S.M., Liang, Z. and Byrne, M.E. (۲۰۱۵). ...
Deng, Y. and Lu, S. (۲۰۱۷). Biosynthesis and regulation of ...
Djami-Tchatchou, A.T. and Straker, C.J. (۲۰۱۲). The isolation of high ...
Elham, A., Arken, M., Kalimanjan, G., Arkin, A. and Iminjan, ...
Garg, R. and Jain, M. (۲۰۱۳) RNA-Seq for transcriptome analysis ...
Giron, D., Huguet, E., Stone, G.N. and Body, M. (۲۰۱۶). ...
Griffiths-Jones, S. (۲۰۰۶). miRBase: the microRNA sequence database. In: Ying, ...
Gutiérrez-García, C., Ahmed, S.S., Ramalingam, S., Selvaraj, D., Srivastava, A., ...
Hao, K., Wang, Y., Zhu, Z., Wu, Y., Chen, R. ...
He, F., Pan, Q.H., Shi, Y. and Duan, C.Q. (۲۰۰۸). ...
Hossain, R., Quispe, C., Saikat, A.S.M., Jain, D., Habib, A., ...
Jeena, G.S., Singh, N. and Shukla, R.K. (۲۰۲۲). An insight ...
Karami, S., Shiran, B., Ravash, R. and Fallahi, H. (۲۰۲۳). ...
Kaur, G., Hamid, H., Ali, A., Alam, M.S. and Athar, ...
Khare, S., Singh, N., Singh, A., Hussain, I., Niharika, K., ...
Kumar, M., Prakash, S., Kumari, N., Pundir, A., Punia, S., ...
Li, H., Lin, Q., Yan, M., Wang, M., Wang, P., ...
Li, W., He, Z., Yang, S., Ye, Y., Jiang, H. ...
Liu, M.-H., Yang, B.R., Cheung, W.F., Yang, K.Y., Zhou, H.F., ...
Loke, K.K., Rahnamaie-Tajadod, R., Yeoh, C.C., Goh, H.H., Mohamed-Hussein, Z.A., ...
López de Heredia, U. and Vázquez-Poletti, J. (۲۰۱۶). RNA-seq analysis ...
Luo, Y., Zhang, X., Luo, Z., Zhang, Q. and Liu, ...
Marcela, V.-H., Gerardo, V.M., Agustín, A.R.C., Antonio, G.M.M., Oscar, R., ...
Martin, J.A. and Wang, Z. (۲۰۱۱). Next-generation transcriptome assembly. Nature ...
Mehrnia, Mohamad, Nejadsatari, taher, Asadi, Mostafa, Mehregan and Iraj (۲۰۱۳). ...
Mehta, A., Gupta, H., Rawal, R., Mankad, A., Tiwari, T., ...
Mir Drikvand, R. and Samiei, K. (۲۰۲۰). Evaluation and Comparison ...
Mir Drikvand, R., Sohrabi, S.S., Sohrabi, S.M. and Samiei, K. ...
Moin, M., Bakshi, A., Madhav, M. and Kirti, P. (۲۰۱۷). ...
Negi, A., Shukla, A., Jaiswar, A., Shrinet, J. and Jasrotia, ...
Numnark, S., Mhuantong, W., Ingsriswang, S. and Wichadakul, D. (۲۰۱۲). ...
Owusu Adjei, M., Zhou, X., Mao, M., Rafique, F. and ...
Pagano, L., Rossi, R., Paesano, L., Marmiroli, N. and Marmiroli, ...
Pasandideh Arjmand, M., Samizadeh Lahiji, H., Biglouei, M.H. and Mohsenzadeh ...
Pirbaluti, F.G., Saravi, A.T. and Arani, A.M. (۲۰۱۷). Karyotypic analysis ...
Ramezani, M., Nazarian-Firouzabadi, F., Ismaili, A. and Sohrabi, S.S. (۲۰۲۲). ...
Ramsøe, A., Clark, M.S. and Sleight, V.A. (۲۰۲۰). Gene network ...
Singh, N., Srivastava, S., Shasany, A.K. and Sharma, A. (۲۰۱۶). ...
Sobral, R., Silva, H.G., Laranjeira, S., Magalhães, J., Andrade, L., ...
Sohrabi, S.S., Ismaili, A., Nazarian, F. and Hossein, F. (۲۰۲۰). ...
Song, Y., Feng, L., Alyafei, M.A.M., Jaleel, A. and Ren, ...
Tayel, A.A., El-Sedfy, M.A., Ibrahim, A.I. and Moussa, S.H. (۲۰۱۸). ...
Vashisht, I., Mishra, P., Pal, T., Chanumolu, S., Singh, T.R. ...
Vivek, A. and Kumar, S. (۲۰۲۱). Computational methods for annotation ...
Wu, F., Du, Z., Hu, Z., Gan, L., Khaldun, A.B.M., ...
Ye, G., Zhang, H., Chen, B., Nie, S., Liu, H., ...
Yusof, W.N.S.W. and Abdullah, H. (۲۰۲۰). Phytochemicals and cytotoxicity of ...
Zhang, B., Pan, X., Cox, S., Cobb, G. and Anderson, ...
Zhang, S., Wu, Y., Huang, X., Wu, W., Lyu, L. ...
Aguirre, G. and Pilon, M. (۲۰۱۶). Copper delivery to chloroplast ...
Ahmad, W. (۲۰۱۶). Ethnopharmacology of Quercus infectoria Olivier galls: A ...
Ahmadi, E., Kowsari, M., Azadfar, D. and Jouzani, G.S. (۲۰۱۸). ...
Askari, F., Azadi, A., Namavar-Jahromi, B., Tansaz, M., Mirzapour Nasiri, ...
Aung, B., Gruber, M.Y. and Hannoufa, A. (۲۰۱۵). The microRNA۱۵۶ ...
Banc, R., Rusu, M.E., Filip, L. and Popa, D.-S. (۲۰۲۳). ...
Barczak-Brzyżek, A., Brzyżek, G., Koter, M., Siedlecka, E., Gawroński, P. ...
Chaves, I., Lin, Y.C., Pinto-Ricardo, C., Van de Peer, Y. ...
Clément, M., Leonhardt, N., Droillard, M.J., Reiter, I., Montillet, J.L., ...
Devis, D., Firth, S.M., Liang, Z. and Byrne, M.E. (۲۰۱۵). ...
Deng, Y. and Lu, S. (۲۰۱۷). Biosynthesis and regulation of ...
Djami-Tchatchou, A.T. and Straker, C.J. (۲۰۱۲). The isolation of high ...
Elham, A., Arken, M., Kalimanjan, G., Arkin, A. and Iminjan, ...
Garg, R. and Jain, M. (۲۰۱۳) RNA-Seq for transcriptome analysis ...
Giron, D., Huguet, E., Stone, G.N. and Body, M. (۲۰۱۶). ...
Griffiths-Jones, S. (۲۰۰۶). miRBase: the microRNA sequence database. In: Ying, ...
Gutiérrez-García, C., Ahmed, S.S., Ramalingam, S., Selvaraj, D., Srivastava, A., ...
Hao, K., Wang, Y., Zhu, Z., Wu, Y., Chen, R. ...
He, F., Pan, Q.H., Shi, Y. and Duan, C.Q. (۲۰۰۸). ...
Hossain, R., Quispe, C., Saikat, A.S.M., Jain, D., Habib, A., ...
Jeena, G.S., Singh, N. and Shukla, R.K. (۲۰۲۲). An insight ...
Karami, S., Shiran, B., Ravash, R. and Fallahi, H. (۲۰۲۳). ...
Kaur, G., Hamid, H., Ali, A., Alam, M.S. and Athar, ...
Khare, S., Singh, N., Singh, A., Hussain, I., Niharika, K., ...
Kumar, M., Prakash, S., Kumari, N., Pundir, A., Punia, S., ...
Li, H., Lin, Q., Yan, M., Wang, M., Wang, P., ...
Li, W., He, Z., Yang, S., Ye, Y., Jiang, H. ...
Liu, M.-H., Yang, B.R., Cheung, W.F., Yang, K.Y., Zhou, H.F., ...
Loke, K.K., Rahnamaie-Tajadod, R., Yeoh, C.C., Goh, H.H., Mohamed-Hussein, Z.A., ...
López de Heredia, U. and Vázquez-Poletti, J. (۲۰۱۶). RNA-seq analysis ...
Luo, Y., Zhang, X., Luo, Z., Zhang, Q. and Liu, ...
Marcela, V.-H., Gerardo, V.M., Agustín, A.R.C., Antonio, G.M.M., Oscar, R., ...
Martin, J.A. and Wang, Z. (۲۰۱۱). Next-generation transcriptome assembly. Nature ...
Mehrnia, Mohamad, Nejadsatari, taher, Asadi, Mostafa, Mehregan and Iraj (۲۰۱۳). ...
Mehta, A., Gupta, H., Rawal, R., Mankad, A., Tiwari, T., ...
Mir Drikvand, R. and Samiei, K. (۲۰۲۰). Evaluation and Comparison ...
Mir Drikvand, R., Sohrabi, S.S., Sohrabi, S.M. and Samiei, K. ...
Moin, M., Bakshi, A., Madhav, M. and Kirti, P. (۲۰۱۷). ...
Negi, A., Shukla, A., Jaiswar, A., Shrinet, J. and Jasrotia, ...
Numnark, S., Mhuantong, W., Ingsriswang, S. and Wichadakul, D. (۲۰۱۲). ...
Owusu Adjei, M., Zhou, X., Mao, M., Rafique, F. and ...
Pagano, L., Rossi, R., Paesano, L., Marmiroli, N. and Marmiroli, ...
Pasandideh Arjmand, M., Samizadeh Lahiji, H., Biglouei, M.H. and Mohsenzadeh ...
Pirbaluti, F.G., Saravi, A.T. and Arani, A.M. (۲۰۱۷). Karyotypic analysis ...
Ramezani, M., Nazarian-Firouzabadi, F., Ismaili, A. and Sohrabi, S.S. (۲۰۲۲). ...
Ramsøe, A., Clark, M.S. and Sleight, V.A. (۲۰۲۰). Gene network ...
Singh, N., Srivastava, S., Shasany, A.K. and Sharma, A. (۲۰۱۶). ...
Sobral, R., Silva, H.G., Laranjeira, S., Magalhães, J., Andrade, L., ...
Sohrabi, S.S., Ismaili, A., Nazarian, F. and Hossein, F. (۲۰۲۰). ...
Song, Y., Feng, L., Alyafei, M.A.M., Jaleel, A. and Ren, ...
Tayel, A.A., El-Sedfy, M.A., Ibrahim, A.I. and Moussa, S.H. (۲۰۱۸). ...
Vashisht, I., Mishra, P., Pal, T., Chanumolu, S., Singh, T.R. ...
Vivek, A. and Kumar, S. (۲۰۲۱). Computational methods for annotation ...
Wu, F., Du, Z., Hu, Z., Gan, L., Khaldun, A.B.M., ...
Ye, G., Zhang, H., Chen, B., Nie, S., Liu, H., ...
Yusof, W.N.S.W. and Abdullah, H. (۲۰۲۰). Phytochemicals and cytotoxicity of ...
Zhang, B., Pan, X., Cox, S., Cobb, G. and Anderson, ...
Zhang, S., Wu, Y., Huang, X., Wu, W., Lyu, L. ...

نمایش کامل مراجع