طراحی و مقایسه دو سازه ایمنوانفورماتیکی تحریک کننده ایمنی هومورال علیه باکتری سالمونلا تیفی

سالمونلا تیفی یک باسیل گرممنفی از خانواده انتروباکتریاسه می باشد، که عامل بیماری حصبه است . بهترین راه پیشگیری از بیماری ها استفاده از واکسن هایی با کمترین عوارض می باشد. با هدف دست یابی به یک سازه واکسنی مبتنی بر اپی توپ اختصاصی ، ابتدا از مرکز داده NCBI برای استخراج پروتئوم باکتری سالمونلا تیفی استفاده شد. سپس از نظر آنتی ژنسیتی و آلرژنسیتی مورد بررسی قرار گرفت . برای پیش بینی اپی توپهای تخصصی B Cell از پروتئین های غربالشده از مراحل قبلی ، از دو سرور IEDB و ABCpred استفاده شد. با استفاده از اپی توپهای بدست آمده، دو سازه نوترکیب طراحی شد. هر دوسازه دارای دو دامنه ادجوانتی و اپی توپی بودند. تفاوت این دو سازه در تعداد تکرار اپی توپها و لینکرها بود. سپس خواص فیزیکوشیمیایی آنها توسط سرور ProtPorom بررسی شد. در نهایت ساختار دوم و سوم پیش بینی شدند. از ارزیابی آنتی ژنسیتی و آلرژنسیتی پروتئوم ۷ پروتئین غربال شد. پیش بینی اپی توپها انجام و طراحی سازها توسط نرمافزارها صورت گرفت . براساس نتایج به دست آمده از سرور ProtPorom، سازه اول با طول ۳۲۸ اسید آمینه ، دارای وزن مولکولی ۰۶.۳۴۸۷۵ دالتون، نقطه ایزوالکتریک ۳۳/۹، شاخص آلیفاتیک ۳۵/۶۳، شاخص GRAVY ۹۱۵/۰- و شاخص ناپایداری ۱۹/۳۸ بود. درحالیکه در سازه دوم به ترتیب ۴۸۰ ، ۲۰/۵۰۸۹۹ دالتون، ۶۸/۹، ۸۵/۵۰ ، ۱۶۱/۱- و ۱۳/۳۱ می باشند. سپس با پیش بینی ساختارها مشخص شد که سازه اول دارای %۷۰/۷۴ آلفاهل یکس ، %۰۵/۳ صفحاتگسترده ۲۶/%۲۲رندومکویل و درحالیکه این موارد در سازه دوم %۴۶/۴۱، %۴۶/۶، %۰۸/۵۲ می باشند. در نهایت ساختار سوم سازه دوم که با توجه به نتایج دریافتی از مراحل قبل انتخاب گردید توسط سرور I-TASSR پیش بینی گردید و توسط نرم افزار PyMol آشکارسازی شد.

کلیدواژه ها:

پروتئوم ، واکسن ، B Cell ، سالمونلا تیفی ، پیش بینی اپی توپ