مروری بر کاربردهای فناوری توالی یابی کل ژنوم در پایش عوامل بیماری زای باکتریایی طیور

فناوری توالی یابی کل ژنوم پتانسیل فراهم کردن حجم اطلاعات زیاد از جدایه های میکروبی شامل گونه ها، نوع سویه ها، مقاومت آنتی بیوتیکی وحدت را در زمان کوتاه دارد. در بهداشت عمومی ، پایش با استفاده از توالی یابی کل ژنوم به طور معمول عوامل بیماری زای ایجاد کننده همه گیری ها، عوامل بیماری زای منتقله از راه غذا و عوامل بیماری زای دارای مقاومت های آنتی بیوتیکی چندگانه را هدف قرار می دهد. پلتفرمهای توالی یابی مختلفی وجود دارند که هرکدام از نظر شیمی توالی یابی ، بازده (طول خوانش ، تعداد توالی ها)، صحت و هزینه بایکدیگر متفاوت هستند، با این حال روش کلی کار در آنها مشابه و شامل استخراج DNA، آماده کردن کتابخانه از طریق قطعه قطعه کردن DNA به روش مکانیکی ویا آنزیمی و اضافه کردن آداپتورها و بارکدها/ شاخص ها و تکثیر، آمادهسازی الگو و توالی یابی اتوماتیک است . مطالعات مختلفی با بکارگیری فناوری توالی یابی کل ژنوم روی عوامل بیماری زای مهم طیور از جمله ، سالمونلا، کلامیدیا، اشریشیا کلی و کمپیلوباکتر که برخی از آنها از نظر بهداشت عمومی نیز حائز اهمیت هستند در کشورهای مختلف دنیا صورت گرفته است . نتایج مطالعات مذکور نشان داد که به کمک فناوری توالی یابی کل ژنوم می توان مقاومت ضد میکروبی و همچنین پتانسیل بیماری زایی عوامل باکتریایی را با صحت زیاد پیش بینی نمود و از این دادهها در پایش عوامل بیماری زا بهره برد.

کلیدواژه ها:

توالی یابی کل ژنوم ، عوامل بیماری زای باکتریایی ، طیور ، پایش بیماری