مقایسه ی عملکرد آنزیم T۷ اندونوکلئاز I و سیستم الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید در ارزیابی کارآیی برش سیستم CRIPSR/Cas۹
محل انتشار: مجله دانشکده پزشکی اصفهان، دوره: 41، شماره: 740
سال انتشار: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 165
فایل این مقاله در 9 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IMSJ-41-740_002
تاریخ نمایه سازی: 13 آبان 1403
چکیده مقاله:
مقاله پژوهشیمقدمه: ارزیابی کارآیی برش آنزیم Cas۹ در سیستم CRISPR (Clustered Regularly Interspersed Short Palindromic Repeat) و غربال گری جهش های ایجاد شده، یکی از چالش های این سیستم می باشد. این مطالعه روشی مبتنی بر استفاده از سیستم پلی اکریل آمید غیردناتوره، بدون نیاز به تشکیل هترودپلکس با کارآیی بالا را پیشنهاد می کند.روش ها: در این مطالعه، به منظور بررسی عملکرد سیستم CRISPR-Cas۹، ابتدا توالی RNA راهنمای مناسب با توالی هدف، طراحی و سنتز شد. وکتور (PX۴۵۸) pSpCas۹(BB)-۲A-GFP با استفاده آنزیم BbsI برش داده و RNA راهنمای در جایگاه برش کلون شد. پلاسمید نوترکیب، استخراج و پس از تایید صحت کلونینگ با استفاده از تکنیک توالی یابی، به رده ی سلولی HEK۲۹۳T ترانسفکت گردید. پس از تایید انتقال و تعیین درصد ترانسفکت توسط دستگاه فلوسایتومتری، DNA ژنومی سلول های حامل وکتور نوترکیب استخراج شد. دو واکنش (Polymerase chain reaction) PCR مختلف در ناحیه ی مورد نظر بر روی ژن بتاگلوبین انجام شد و درصد عملکرد آنزیم Cas۹ با استفاده از آنزیم اندونوکلئاز T۷I (T۷EndonucleaseI) و سیستم پلی اکریل آمید غیردناتوره کننده ارزیابی گردید.یافته ها: نتایج هضم آنزیمی T۷E۱ بر روی ژنوم، نشان دهنده ی عملکرد ۳۲ درصدی آنزیم Cas۹ و نتایج سیستم پلی اکریل آمید غیردناتوره کننده، نشان دهنده ی عملکرد ۶۶ درصدی آنزیم بود. به این ترتیب سیستم پلی اکریل آمید غیردناتوره به طور قابل اعتمادی تغییرات کوچک به اندازه ی ۵-۱۰ جفت باز (bp) در طول اسید نوکلئیک در محل مورد نظر را نیز تشخیص می دهد.نتیجه گیری: تکنیک PAGE می تواند جایگزین سنجش T۷E۱ به عنوان یک پروتکل معمول آزمایشگاهی برای ژنوتیپ کردن رده های سلولی انسانی تولید شده با سیستم CRISPR/Cas۹ شود.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
نسیم مایلی فریدنی
PhD Candidate, Department of Biology, Faculty of Sciences, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran
حمید گله داری
Professor, Department of Biology, Faculty of Sciences, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran
الهام حویزی
Associate Professor, Department of Biology, Faculty of Sciences, Shahid Chamran University of Ahvaz, Ahvaz, Iran
منیره عجمی
Assistant Professor, Department of Hematology, School of Paramedical Sciences, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
