برآورد همخونی ژنومی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایرانی

در مطالعه حاضر به منظور برآورد سطح هم خونی ژنومی از ۴ روش همخونی با استفاده از اطلاعات (FROH) ROH، ماتریس روابط خویشاوندی ژنومی (FGRM or F۱)، هموزیگوسیتی نشانگرهای (FHOM or F۲) SNP، همبستگی اتحاد گامتی ( FUNI or (F۳ انجام شد. بدین منظور از اطلاعات ژنومی ۹۳ راس گاو هلشتا ین ایرانی ، مربوط به سه سری داده IRN_S۱)، IRN_S۲ و (IRN_S۳ به ترتیب شامل ۴۳، ۲۵ و ۲۵ راس، استفاده شد. کنترل کیفی و غربالگری دادهها و آنالیز ژنومی با استفاده از نرم افزارهای Plink۱.۹ و GCTA انجام شد. میزان همخونی محاسبه شده به دست آمده از میانگین ۳ آمارهی F۱، F۲ و F۳ برای جمعیت های سری اول تا سوم به ترتیب برابر ۰۲۹/۰، ۰۰۷/۰ و ۰۰۷/۰ بود. روشهای مختلف برآورد همخونی هرچند مبنای علمی دارند و در موارد متعددی برای محاسبه ی همخونی استفاده می شوند. در کل نتا یج همه ی روشهای برآورد همخونی حاکی از بالا بودن همخونی بالاتر جمعیت سری اول نسبت به سری های دوم و سوم است . به نظر می رسد نحوه نمونه برداری و انتخاب نمونه برای توالی یابی در این مورد موثر باشد. با توجه به شباهت بالای نتایج آمارههای F۱ و F۲ و نیز بالاتر بودن مقادیر این دو آماره نسبت به آماره ی F۳ (حداقل در ۳ سری دادهی ژنومی واقعی )، علارغم مبنای علم ی صحیح ، شاید استفاده از میانگین این ۳ آماره روش مفیدتر ی در گزارش میزان همخونی باشد. روش دیگر برای تعیین بهترین آماره جهت تعیین یکی از این آمارهها در تعیین میزان همخونی ، استفاده از مطالعات شبیه سازی است . زیرا تعیین هرچه دقیق تر میزان همخونی در ارائه ی برنامه های اصلاحی نژادی و حفظ تنوع ژنتیکی ، اهمیت بالایی دارد.

کلیدواژه ها:

ژنوم ، تنوع ژنتیکی ، هموزیگوسیتی ، هلشتاین ، همخونی