شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی با استفاده از واکاوی داده های ترنسکریپتوم هیپوکامپ در کبوترهای پلاکی و چاهی

هدف این پژوهش، شناسایی واریانت های ژنتیکی مرتبط با مسیریابی در کبوتر بود. داده های ترنسکریپتوم (هشت نمونه) مربوط به هیپوکمپ کبوترهای چاهی (دارای توان مسیریابی ضعیف) و پلاکی (دارای توان مسیریابی مطلوب) از پایگاه EBI با شماره دسترسی  PRJNA۵۳۲۶۷۴دانلود شد. کنترل کیفیت داده ها، نقشه گذاری داده ها و شناسایی واریانت های ژنتیکی متفاوت بین دو گروه چاهی و پلاکی با نرم افزار  CLC Genomics workbench (۱۲) انجام شد. حدود دو میلیون واریانت ژنتیکی برای هشت نمونه شناسایی شد، که ۲۸۰۰ واریانت ژنتیکی بین دو گروه متفاوت بود. نقش عملکردی واریانت های متفاوت، با تجزیه هستی شناسی به­وسیله ابزار VEP در پایگاه Ensembl در سطح معنی­داری پنج درصد انجام شد. نتایج تجزیه هستی شناسی نشان داد که واریانت های متفاوت با ژن LDHA در ارتباط هستند. این ژن با کد کردن آنزیم لاکتات دهیدروژناز A در قدرت پروازی و سوخت و ساز بی­هوازی سلول ها دارای اهمیت است. پرندگان با نسخه جهش یافته ژن  LDHAعملکرد بهتری در مسابقات برای قدرت پرواز و مسیریابی دارند. یکی دیگر از نتایج این پژوهش، مرتبط بودن واریانت های ژنتیکی با ژن DRD۴ بود که در کنترل الگوهای رفتاری، حافظه و یادگیری حائز اهمیت است. مسیرهای سوخت و ساز پروتئین­ها نیز یکی از نتایج مهم این پژوهش بود زیرا پروتئین­ها دارای نقش اساسی در تمایز سلول های سیستم عصبی هستند. برای نمونه، پروتئین Ubiquitin با نشان­دار کردن سایر پروتئین ها به­عنوان پیام رسان برای پروتئازها عمل می کند و عمل هضم پروتئین های ناکارآمد را در سلول تسهیل می کند. همچنین، این پروتئین دارای نقش تنظیمی برای فعالیت سایر پروتئین ها است.

کلیدواژه ها:

توانایی مسیریابی ، کبوتر پلاکی ، کبوتر چاهی ، هیپوکمپ