ناسایی نشانگرهای ریزماهواره لیموترش با استفاده از توالی یابی عمیق ترنسکریپتوم

سال انتشار: 1391
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: فارسی
مشاهده: 977

متن کامل این مقاله منتشر نشده است و فقط به صورت چکیده یا چکیده مبسوط در پایگاه موجود می باشد.
توضیح: معمولا کلیه مقالاتی که کمتر از ۵ صفحه باشند در پایگاه سیویلیکا اصل مقاله (فول تکست) محسوب نمی شوند و فقط کاربران عضو بدون کسر اعتبار می توانند فایل آنها را دریافت نمایند.

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:

شناسه ملی سند علمی:

AGRIBIOTECH03_337

تاریخ نمایه سازی: 27 تیر 1392

چکیده مقاله:

نشانگرهای ریزماهواره به دلیل فراوانی نسبی، طبیعت چند آللی، چندشکلی زیاد و سهولت تشخیص، نقش موثری در بررسی تنوع ژنتیکی و تهیه نقشه های ژنی دارا می باشند. در سال های اخیر مطالعات بسیاری برای شناسایی نشانگرهای ریزماهواره )با مبدا ژنوم یا ترنسکریپتوم( در گونه های مختلف مرکبات با استفاده از روش های متداول انجام شده است. در این مطالعه برای اولین بار از EST های بدست آمده از توالی یابی عمیق deep sequencing ترنسکریپتوم لیموترش Citrus aurantifolia L. سالم و آلوده به عامل بیماری جاروک لیموترش Candidatus Phytoplasma aurantifolia به عنوان منبعی جهت پیدا کردن نشانگرهای ریزماهواره EST-SSR استفاده شد. نتایج اولیه تجزیه ترنسکریپتوم نشان داد از مجموع 78185 EST شناسایی شده، 5313 EST حاوی 6511 نشانگر ریزماهواره بودند. 4365 EST (82/16%) دارای تنها یک نشانگر و 948 EST (17/84%) دارای دو یا تعداد بیشتری نشانگر ریزماهواره بودند. بیشترین فراوانی مربوط به نشانگرهای دو نوکلئوتیدی 65/23% بودند. توالی های ترکیبی AG/AAG/AAAG/AAAAG بالاترین فراوانی را نشان دادند. شناسایی تعداد بالای نشانگرهای ریزماهواره EST با استفاده از روش توالی یابی عمیق ترنسکریپتوم نشان دهنده کارایی بالای روش مورد استفاده است. طراحی آغازگرهای مبتنی براین نشانگرها امکان تجزیه تنوع ژنتیکی در بین گونه های مختلف مرکبات و تکمیل نقشه های ژنتیکی موجود را فراهم خواهد ساخت. همچنین از بین EST های حاوی نشانگرهای ریزماهواره، 515 EST در بین لیموترش سالم و آلوده تفاوت بیان نشان دادند. استفاده از این نشانگرها ممکن است در تشخیص عوامل ژنتیکی دخیل در حساسیت یا مقاومت به بیماری جاروک لیموترش موثر واقع شود.

نویسندگان

مائده شفیعی

دانشجوی دکتری گروه علوم باغبانی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانش

محسن مردی

دانشیار بخش تحقیقات ژنومیکس، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کر

محمدرضا فتاحی مقدم

دانشیار گروه علوم باغبانی، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی کرج، دانشگاه ت

ذبیح اله زمانی

کارشناس بخش تحقیقات ژنومیکس، پژوهشکده بیوتکنولوژی کشاورزی ایران، کر

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Nicolosi, E., Deng, Z. N., Gentile, A., La Malfa, S., ...
  • Terol, J., Naranjo, M. _ Ollitrault, P., & Talon, M., ...
  • Dong, J., Guang-Yan, Z., & Qi-Bing, H. 2006., Analysis of ...
  • Luro, F., Costantino, G., Terol, J., Argout, X., Allario, T., ...
  • Gahlan, P., Singh, H., Shankar, R., Sharma, N., Kumari, A, ...
  • Guo, S., Zheng, Y., Joung, J.-G., Liu, S., Zhang, Z., ...
  • Zhang, J., Liang, S., Duan, J., Wang, J., Chen, S., ...
  • Biswas, M., Chai, L., Mayer, C., Xu, Q., Guo, W., ...
  • نمایش کامل مراجع