بررسی فیلوژنتیکی دو جدایه ایرانی ویروس خراشک حلقوی میخک بر اساس ترادف بخشی از ژن تولیدکننده اینکلوژن بادی

ویروس خراشک حلقوی میخک Carnation etched ring virus از خانواده Caulimoviridae به عنوان دومین ویروس مهم میخک محسوب می شود. به منظور بررسی تنوع، ترادف ژن تولیدکننده اینکلوژن بادی IB در دو جدایه ایرانی این ویروس (چناران و محلات) با سایر جدایه ها مقایسه گردید. تشخیص اولیه CERV با استفاده ازآزمون سرولوژیکی الایزای غیر مستقیم Indirect-ELISA صورت گرفت. دی. ان.ای کل از نمونه های آلوده استخراج و با بکارگیری یک جفت آغازگراختصاصی قطعه ای به اندازه 1500 جفت باز و واقع در ناحیه اینکلوژن بادی به روش PCR شد. محصول PCR تعیین ترادف شده و اطلاعات حاصل از تعیین ترادف با ترادف جدایه های هلند و هند (به ترتیب با شماره های دسترسی NC-003498 و AJ853858 و نیز تعدادی از کائولیموویروس ها در بانک ژن مقایسه شد. در نهایت به کمک نرم افزار MEGA5 درخت فیلوژنتیکی ترسیم گردید. مقایسه ترادف های نوکلئوتیدی نشان داد که شباهت دو ایزوله ایرانی به یکدیگر 92/2% و با سایر جدایه های موجود در بانک ژن بین 90 تا 99/4 % است. جدایه محلات بیشترین شباهت را با جدایه هند داشته و بیشترین تغییرات آمینواسیدی در جدایه هلند مشاهده گردید. همچنین نتایج این آنالیز نشان می دهد که تفاوت چشمگیری در سطح آمینواسیدی 60/6 - 92/2 % بین توالی های ناحیه اینکلوژن بادی IB در بین کائولیموویروس ها وجود دارد.

کلیدواژه ها:

الایزای غیرمستقیم ، اینکلوژن بادی ، ویروس خراشک حلقوی میخک