بررسی بیوانفورماتیکی ژن های گره زا در باکتری های همزیست با لگوم

رایزوبیا Rhizobia یا ریزوبیوم گروهی از باکتری های خاکزاد هستند که با ارتباط همزیستی با خانواده لگومینوزه باعث تثبیت نیتروژن می شوند ،تثبیت نیتروژن با ایجاد گره در ریشه لگوم ها توسط این باکتری ها صورت می گیرد که لازمه ایجاد گره وجود ژن های گره زا در باکتری می باشند از جمله nif که در تنظیم و تولید آنزیم های نیتروژناز نقش دارند و ژن های nod برای سنتز فاکتورهای گره زایی لازمند. در این تحقیق توالی ژن های nodc و nifH 50 جدایه رایزوبیا و غیر رایزوبیایی که قادر به ایجاد گره در لگوم ها هستند از بانک اطلاعات NCBI گرفته شد . همردیف سازی چندگانه multiple sequence alignment توالی های نوکلوتیدی بدست آمده با استفاده از نرم افزار Clustal W صورت گرفت. درخت فیلوژنتیکی جدایه ها با روش اتصال همسایه ای Neighbour‐joining و با استفاده از نرم افزار MEGA5 با bootstrap 1000 تکرار ترسیم گردید. نتایج نشان داد که این ژن ها در بین گونه های رایزوبیا همولوژی بالایی دارند لذا برای مطالعات تاکسونومیکی مفید نیستند ولی برای شناسایی باکتری های غیررایزوبیایی که قادر به ایجاد گره در لگوم ها هستند و همچنین در مطالعات جغرافیای زیستی جدایه های همزیست با لگوم ها ابزاری مفید و کارآمد می باشند.

کلیدواژه ها:

رایزوبیا ، ژن های گره زا ، nodc. ، nifH