آنالیز و طراحی پیشرفته واکسن کبرا (آنتی ژن وسیع الطیف بهینه شده با روش های محاسباتی) برای پروتئین Bm۸۶ معدی کنه های آنولاتوس و میکروپولوس جنس ریپی سفالوس

مقدمه: گونه های کنه ریپی سفالوس سبب ضررهای اقتصادی قابل ملاحظه ای در ایجاد بیماری در حیوانات و همچنین انسان می شوند. Bm۸۶ که یک پروتئین معدی کاندید واکسن می باشد توالی آن در بین جدایه های گونه های ریپی سفالوس از نظر جغرافیائی جدا از هم، متغیر و دلیل اصلی کاهش اثربخشی و شکست واکسن های نوترکیب است. روش: در این مطالعه بیوانفورماتیکی توالی های انگل های ریپی سفالوس میکروپولوس و آنولاتوس استخراج، هم ردیف و اصلاح گردیدند. سپس نمودار تغییر پذیری و درخت فیلوژنتیک برای آن ها ترسیم شد. سپس گروه بندی و علامت گذاری تاکسون ها جهت طراحی واکسن تکاملی، آنتی ژن کبرا ، مرکز درخت و اجدادی صورت گرفت. همچنین بر روی توالی های واکسنی کبرا آنالیزهای مدل سازی و آزمون بر هم نهی انجام گرفت. نتایج: در دو گونه میکروپولوس و آنولاتوس، بیشترین تغییری پذیری به ترتیب در حدود آمینواسید های ۱۷۷ تا ۱۸۱ ، ۲۷۰ تا ۲۷۶ و ۳۵۱ تا ۳۵۲ مشاهده گردید. ۶ توالی به عنوان توالی مناسب جهت طراحی واکسن تکاملی و ۱۲ توالی نیز جهت هم ردیفی مجدد و بدست آوردن توالی مورد توافق جهت طراحی آنتی ژن کبرا استفاده گردید. از سوی دیگر توالی مربوط به ریپی سفالوس آنولاتوس در شاخه های خواهری بوده و بیشتر به یکدیگر شبیه بودند تا به توالی های BM۸۶ ریپی سفالوس میکروپولوس، به جزء توالی ADQ۱۹۶۸۷ . توالی های انتخابی جهت طراحی واکسن بر مبنای مرکز درخت و اجدادی نیز به ترتیب از توالی های AJE۲۹۹۳۱، AJE۲۹۹۳۲ و ATW۷۵۴۷۲ و توالی های ATW۵۴۷۶، ADM۸۶۷۲۲، ACZ۵۵۱۳۳ معرفی شدند. نتیجه گیری: واکسن ضد کنه ای مبتنی بر روش کبرا برای Bm۸۶ می توانند وسیع الطیف تر، مقرون به صرفه تر و جایگزین بهتری در مقایسه با واکسن های نوترکیب فعلی باشند.

کلیدواژه ها:

Rhipicephalus ، Microplus ، Annulatus ، Vaccine ، COBRA ، کنه ریپی سفالوس ، میکروپولوس ، آنولاتوس ، واکسن ، کبرا