ورود
مقالات فارسیISIکنفرانسهاژورنالها

توانایی اولیگونوکلئوتیدهای ضد ژن RpoD در باکتری استافیلوکوک اورئوس در مهار ژن های انسانی: یک مطالعه بیوانفورماتیک

محل انتشار: مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی، دوره: 2، شماره: 4
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 122

فایل این مقاله در 8 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد

استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:

لینک ثابت به این مقاله:
https://civilica.com/doc/2036356

شناسه ملی سند علمی:

JR_JHBMI-2-4_002

تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403

چکیده مقاله:

مقدمه: یکی از روش های جدید کنترل عفونت های میکروبی استفاده از اولیگونوکلئوتیدهای آنتی سنس (مکمل) برای مهار ژن های ضروری است . هدف این مطالعه بررسی ۴ توالی مکمل علیه ژن rpoD استافیلوکوکوس اورئوس و پی بردن به تطابق احتمالی در ژن های انسانی بود.  روش: نخست به بانک اطلاعاتی مرکز ملی اطلاعات بیوتکنولوژی (NCBI) مراجعه و ژن rpoD در استافیلوکوکوک اورئوس از آن استخراج و سپس توالی mRNA آن تولید گردید. سپس با توجه به ساختار ثانویه توالی mRNA و بر طبق معیار های ترمودینامیک ۴ توالی مکمل mRNA انتخاب گردید. در نهایت تطابق توالی های مکمل انتخابی به صورت تک تک با تمامی ژن های انسانی با الگوریتم BlastN مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: این تحقیق نشان داد که از نظر ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک توالی مکمل شماره یک، GAAGAAGTTGGTA ، بهترین آنتی سنس بود و پایین ترین Overall ∆G را داشت. تطابق توالی های مکمل نشان داد که آنتی سنس شماره های ۱ و ۲ و ۴ اهداف زیادی در سطح mRNA های انسانی داشته، اما آنتی سنس شماره ۳ با توالی GAAGCAATTAATT بسیار ایده آل بوده و تنها می تواند ژن rpoD را هدف قرار دهد. نتیجه گیری:  با در نظر گرفتن ساختار ثانویه و پارامتر های ترمودینامیک می توان توالی های آنتی سنس مناسب برای ژن هدف انتخاب کرد، ولی اکثر این آنتی سنس ها می توانند اهداف دیگری نیز در سطح سلول های انسانی داشته باشند.

کلیدواژه ها:

نویسندگان

سیمین شریعت

yazd medical science

سید مهدی کلانتر

دکتری تخصصی ژنتیک پزشکی ، استاد گروه ژنتیک پزشکی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران

سید حسین حکمتی مقدم

دکتری حرفه ای پاتولوژی، دانشیار گروه علوم آزمایشگاهی، دانشکده پیراپزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران

هنگامه زندی

دکتری تخصصی میکروبیولوژی، استادیارگروه میکروب شناسی، دانشکده پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران

علی جبالی

Ph.D. in Nanotechnology, Assistant Professor of Medical Nanotechnology, Advanced Medical Sciences and Technologies Dept., School of Para medicine, Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd, Iran.

مراجع و منابع این مقاله:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :
  • Gill SR, Fouts DE, Archer GL, Mongodin EF, Deboy RT, ...
  • Wang R, Braughton KR, Kretschmer D, Bach TH, Queck SY, ...
  • Begun J, Sifri CD, Goldman S, Calderwood SB, Ausubel FM. ...
  • Diep BA, Gill SR, Chang RF, Phan TH, Chen JH, ...
  • Bai H, Sang G, You Y, Xue X, Zhou Y, ...
  • Rahman MA, Summerton J, Foster E, Cunningham K, Stirchak E, ...
  • Wright GD. Making sense of antisense in antibiotic drug discovery. ...
  • Borukhov S, Nudler E. RNA polymerase: the vehicle of transcription. ...
  • Bai H, Luo X. Antisense Antibacterials: From Proof-Of-Concept to Therapeutic ...
  • Ding Y, Lawrence CE. A statistical sampling algorithm for RNA ...
  • Dutkiewicz M, Ojdowska A, Kuczynski J, Lindig V, Zeichhardt H, ...
  • Kwong SM, Firth N. Structural and sequence requirements for the ...
  • Liu Y, Zhao Q, Zhang H, Xu R, Li Y, ...
  • Crooke ST. Progress in antisense technology, in Drug Delivery Systems ...
  • Kurreck J. Antisense technologies. Improvement through novel chemical modifications. ۲۰۰۳;۲۷۰(۸):۱۶۲۸-۴۴ ...
  • Sprinzl M, Horn C, Brown M, Ioudovitch A, Steinberg S, ...
  • Chan JH, Lim S, Wong WS. Antisense oligonucleotides: from design ...
  • Andronescu M, Zhang ZC, Condon A. Secondary structure prediction of ...
  • Far RK, Nedbal W, Sczakiel G. Concepts to automate the ...
  • Matveeva OV, Tsodikov AD, Giddings M, Freier SM, Wyatt JR, ...
  • Fei J, Zhang Y. Prediction of VEGF mRNA antisense oligodeoxynucleotides ...
  • Jebali A, Anvari-Tafti MH. Hybridization of different antisense oligonucleotides on ...
  • Reuter JS, Mathews DH. RNAstructure: software for RNA secondary structure ...
  • Chan JH, Lim S, Wong WS. Antisense oligonucleotides: from design ...
  • Aartsma-Rus A, van Vliet L, Hirschi M, Janson AA, Heemskerk ...
    • نمایش کامل مراجع