بررسی تنوع ژنتیکی و جایگاه فیلوژنتیکی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (TYLCV) جدایه شهرستان خرم آباد براساس بخشی از ژن پروتئین پوششی

بیماری ویروسی پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از مهم ترین بیماری های ویروسی گوجه فرنگی (Solanum lycopersicum L.) در مناطق گرمسیری ، نیمه گرمسیری و گلخانه های مناطق معتدل جهان به شمار می رود. میزان خسارت ناشی از این ویروس شدید بوده و ممکن است به ۱۰۰ درصد هم برسد. ناقل طبیعی آن، سفید بالک Bemisia tabaci است . با توجه به گسترش ویروس مهم و خسارتزای پیچیدگی زرد برگ گوجه فرنگی در اکثر نقاط کشور و خصوصا شهرهای همسایه استان لرستان، هدف از این مطالعه ردیابی ویروس TYLCV در گلخانه های شهرستان خرمآباد می باشد که درگیر جمعیت بالای سفیدبالک هستند. با شناسایی استرین های این ویروس و میزان تنوع و پراکنش آنها و نیز شناخت چگونگی تغییرات ژنتیکی شان در کشور می توان برنامه های کنترل بیماری را بنیاد نهاد. به منظور ردیابی و بررسی تنوع ژنتیکی TYLCV در گلخانه های کشت گوجه فرنگی شهرستان خرمآباد از گیاهان مشکوک به آلودگی نمونه برداری شد. در آزمون PCR پس از بکار بردن جفت آغازگر دژنره اختصاصی جمینی ویروسهای منتقل شونده با سفیدبالک ، قطعه ای به اندازه تقریبی ۵۵۰ جفت باز تکثیر شد که نشان دهنده آلودگی به ویروس TYLCV در مناطق بررسی شده دارد. به منظور بررسی دقیق تر، ژن کامل پروتئین پوششی ویروس با استفاده از جفت آغازگرهای اختصاصی به اندازه تقریبی ۱۳۰۰ جفت باز تکثیر شد و درخت فیلوژنی با استفاده از ترادف ژن پوشش پروتئینی با نرمافزار MEGA۱۱ و به روش Neighbor joining ترسیم شد. همچنین ماتریس مقایسه جفت توالی های نوکلئوتیدی دو جدایه خرم آباد با ۱۵ ایزوله منتخب از بانک ژن با استفاده از نرم افزار SDT v۱.۲ ترسیم شد. مقایسه توالی های نوکلئوتیدی جدایه های خرم آباد Kh۱) و (Kh۲ در NCBI تشخیص TYLCV را در منطقه مورد مطالعه تایید کرد. توالی های نوکلئوتیدی تعیین شده به ترتیب ۶۳/۹۷-۷۹%/۹۴ و ۶۹-/۹۵ ۵۰/۹۰% هویت نوکلئوتیدی و آمینواسیدی را با سایر توالی های TYLCV موجود در NCBI نشان دادند. ماتریس مقایسه جفت توالی های نوکلئوتیدی دو جدایه خرم آباد با ۱۵ ایزوله منتخب از بانک ژن با استفاده از نرم افزار SDT v۱.۲ نشان داد که توالی دو ایزوله ویروسی مورد مطالعه بسیار مشابه بوده و درصد شباهت نوکلئوتیدی آنها ۶۰/۹۵ درصد است . همچنین جدایه Kh۱ (۴۰/۹۵ درصد) بیشترین شباهت را با جدایه کویت و جدایه Kh۲ (۶۰/۹۷ درصد) با جدایه عراق بیشترین شباهت را داشت . این نتایج با آنچه در درخت فیلوژنی ترسیم شده با استفاده از Mega۱۱ دیده شد، یکسان بود. این اولین گزارش از شیوع گسترده TYLCV در گلخانه های گوجه فرنگی شهرستان خرم آباد بود.

کلیدواژه ها:

لرستان ، ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی ، Begomovirus