دو پپتید مشتق شده از پروتئین K غشای خارجی آسینتوباکتر بومانی به عنوان کاندیدای واکسن: مطالعه جامع بیوانفورماتیکی

فقدان واکسن های مناسب مانعی برای مدیریت موثر عفونت های آسینتوباکتر بومانی است. واکسن های پپتیدی میتوانند استراتژیهای پیشگیرانه جذاب و امیدوارکننده ای را علیه آسینتوباکتر بومانی ارائه دهند. هدف: در اینجا، اپی توپهای سلول T اختصاصی پروتئین K غشای خارجی آسینتوباکتر بومانی((OMPK با استفاده از بیوانفورماتیک جامع و تجزیه و تحلیل دقیق اتصال مولکولی پیدا شد. روش ها: هر دو اپی توپ سلول T کلاس I و کلاس II از OMPK آسینتوباکتر بومانی با سه ابزار IEDB، SYFPEITHI و ProPred پیش بینی شدند. اپی توپ های پیشبینیشده از طریق چندین تجزیه و تحلیل مانند امتیازدهی پیشبینی، خوشه بندی، حذف شباهت انسانی، در نظر گرفتن ایمنیزایی و تولید سیتوکین، و حذف اپی توپهای سمی و/یا آلرژن در فهرست نهایی قرار گرفتند. پپتیدهای اپیتوپی با امتیازهای پیش بینی بالا و خواص مناسب که شامل هر دو اپی توپ سلول T کلاس I و کلاس II بودند، انتخاب شدند. دو تا از این پپتیدهای اپیتوپی کلاس I/II برای مطالعات اتصال مولکولی و ارزیابی خواص فیزیکوشیمیایی آنها به عنوان کاندیدای واکسن انتخاب شدند. یافته ها: نتایج نشان داد که تعداد زیادی اپی توپ سلول T از OMPK را میتوان از نظر ایمنیزایی احتمالی ارزیابی کرد. دو تا از این اپی توپ ها (شامل هر دو اپی توپ کلاس I و (II امتیازهای پیش بینی بالایی داشتند، توسط چندین ابزار پیش بینی می شدند، به چندین HLA متصل می شدند و بهترین امتیاز اتصال را داشتند (به طور موثر به HLA های خاص خود متصل می شوند). آنها خواص فیزیکوشیمیایی متفاوتی داشتند و در بین گونه های اسینتوباکتر حفظ شدند. بحث: ما اپیتوپهای سلول T با ایمنی زایی بالا کلاس I و کلاس IIآسینتوباکتر بومانی را شناسایی کردیم و دو پپتید با ایمنیزایی بالا امیدوارکننده را بهعنوان نامزد واکسن معرفی کردیم. توصیه می شود که یک بررسی in vitro/in vivo از این پپتیدها برای تعیین کارایی و کارایی واقعی آنها انجام شود.

کلیدواژه ها:

آسینتوباکتر بومانی ، اپی توپ ، In silico ، داکینگ مولکولی ، پروتئین K غشای خارجی