آشکارسازی پاسخ به عفونت آنفلوانزای H۵N۱: تجزیه و تحلیل مقایسه ای شبکه های بیان ژن و مسیرهای غنی شده عملکردی در جوجه ها و اردک ها

درک ساز و کارهای مولکولی پاسخ میزبان به عفونت H۵N۱ برای گسترش اقدامات کنترل موثر و کاهش خطر یک بیماری همه­گیر بالقوه بسیار مهم است. هدف مطالعه حاضر، تجزیه داده­های ریزآرایه آنفلوانزای فوق ­حاد پرندگان H۵N۱ جهت مقایسه شبکه ژنی در جوجه­ها و اردک­ها بود. مجموعه داده ریزآرایه GSE۳۳۳۸۹ مشتمل بر نمونه شاهد و زیر چالش H۵N۱ بافت ریه جوجه و اردک با بسته GEOquery نرم­افزار R دانلود شد. ژن های با بیان متفاوت با استفاده از بسته limma در نرم افزار R شناسایی شدند و سپس، ترسیم شبکه های ژنی با نرم افزار Cytoscape انجام شد. ژن های اصلی با تعاملات زیاد با افزونه Cytohubba شناسایی شدند و در نهایت، ماژول های اثرگذار با افزونه MCODE شناسایی شدند. تعداد ۲۰۶۲ و ۵۶۵ ژن با بیان متفاوت بین بافت­ سالم و زیر چالش به ترتیب در جوجه ها و اردک ها شناسایی شدند (۰۵/۰P< و >۲ |logFC|). نتایج تجزیه شبکه با استفاده از افزونه Cytohubba، ژن­هایBUB۱ ، NDC۸۰، CDC۲۰ را به­­عنوان ژن­های هاب در جوجه و همچنین ژن­های کلیدی COL۶A۳، COL۳A۱ و PLOD۲ را در اردک شناسایی نمود (۰۵/۰P<). مقایسه هستی­شناسی ژن های متفاوت بیان ­شده در جوجه و اردک نشان داد که بیشتر آن­ها در جوجه­ها در پاسخ ایمنی ذاتی و مقاومت های التهابی میزبان نقش دارند، ولی در اردک بیشتر در سوخت و ساز چربی و تولید انرژی برای تامین نیازمندی مقاومت میزبان در برابر بیماری نقش ایفا می کنند. یافته های این مطالعه ضمن افزایش آگاهی نسبت به چگونگی پاسخ میزبان به عفونت آنفلوانزای H۵N۱، ممکن است دستاوردهایی برای توسعه درمان هدفمند و راهبردهای نظارتی برای مبارزه موثر با شیوع H۵N۱ داشته باشد.

کلیدواژه ها:

آنفلوانزای فوق حاد پرندگان H۵N۱ ، بیوانفورماتیک ، ریزآرایه ، شبکه تعامل ژن ، هستی شناسی ژن