مقایسه وابستگی اتصال ترکیبات سیاه دانه و شیرین بیان با رمدسیویر بر Mpro سارس کرونا ویروس۲ با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده

سارس کرونا ویروس ۲ منجر به بیماری کووید-۱۹ به عنوان یک بیمار­­­ی همه­گیر توسط سازمان جهانی بهداشت (WHO) گزارش شده است. در این ویروس یکی از پروتئازهای سیستئین ضروری که پروتئاز اصلی نامیده می­شود، هدف دارویی مناسبی برای بسیاری از مهارکننده های گیاهی و شیمیایی است. بررسی وابستگی اتصال مهارکننده­ها به پروتئاز اصلی سارس کرونا ویروس۲ یکی از عوامل تاثیرگذار در کارایی آن­هاست. در این مقاله وابستگی اتصال داروهای گیاهی ازجمله نیجلیدین از گیاه سیاه­دانه و لیکوریتیژنین از گیاه شیرین­بیان بر پروتئاز اصلی از سارس کرونا ویروس ۲ با استفاده از شبیه­سازی دینامیک مولکولی هدایت­شده موردبررسی قرارگرفته­ و با داروی شیمیایی رمدسیویر مقایسه شده است. نتایج نشان دادند که در بین لیگاندهای گیاهی، نیجلیدین بیشترین نیروی جداشدگی را به خود اختصاص می­دهد. این امر در حالی است که رمدسیویر به عنوان یک مهارکننده شیمیایی دارای بیشترین نیروی جداشدگی در مقایسه با مهارکننده­های گیاهی است. همچنین انرژی­ الکترواستاتیک و واندروالس برای مجموعه رمدسیویر و پروتئاز اصلی نسبت به سایر مهارکننده­های گیاهی مقدار منفی­تری را نشان می­دهد. بنابراین باوجود امتیاز اتصال بالای ترکیبات سیاه­دانه و شیرین­بیان، رمدسیویر تحت عنوان یک ترکیب شیمیایی وابستگی اتصال بیش­تری را نشان می­دهد.

کلیدواژه ها:

سیاه دانه ، شیرین بیان ، پروتئاز اصلی ، سارس کرونا ویروس ۲ ، مهارکننده ، شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده