شناسایی مقیاس گسترده نشانگرهای مولکولی ریزماهواره از طریق توالی یابی RNA در گیاه دارویی بومادران

چکیده مبسوط مقدمه: گیاه دارویی بومادران (L.Achillea millefolium ) به دلیل داشتن کارکردهای مختلف دارویی و صنعتی یکی از گونه­ های با ارزش در مراتع ایران و جهان است. مواد و روش ها: در این مطالعه، از توالی­­­ یابی ترنسکریپتوم برگ و گل­آذین بومادران با استفاده از پلتفرم ۲۵۰۰ Illumina Hiseq جهت شناسایی نشانگرهای ریزماهواره استفاده شد. یافته ها: طبق نتایج توالی ­یابی نوپدید حاصل از نمونه­ های به دست آمده از گیاه دارویی بومادران کشت شده در موسسه تحقیقات مراتع و جنگل­ های کشور، ۹۴۵۰ توالی تک رونوشت (۶۹۲۰ توالی تک ژن) حاوی ۱۰۵۷۰ ریزماهواره بالقوه یافت شد. فراوان­ ترین نوع ریزماهواره­ ها، دی­نوکلئوتیدها (۶۲ %)، بعد از آن تری ­نوکلئوتید (۲۷۴۸ عدد، ۲۶ %)، مونوکلئوتیدها (۷%) بودند. مجموعا، ۶۹ درصد ریزماهواره­ ها از نوع ریزماهواره کلاس دوم (۱۰ تا ۲۰ نوکلئوتید) و ۳۱ درصد از نوع ریزماهواره کلاس اول (بیش از ۲۰ نوکلئوتید) بودند. فراوانی ریزماهواره ­ها در ترانسکریپتوم گل­آذین یک در هر ۱۰ کیلوباز توالی یکپارچه شده بود. درتفسیر تک ­ژن­ ها مجموعا ۱/۷۶۲ (۲۲/۳ %)، ۴۷۲۳ (۵۳/۳ %)، ۳۷۱۴ (۴۷/۵ %)، ۴۵۱۷ (۵۱/۳ %) و ۵۱۸۹ (۶۰/۷ %) تک ژن از همه کتابخانه ها به‎ترتیب به پایگاه های داده KAAS، آرابیدوپسیس، UniProt، پروتئین های Non-redundant پایگاه NCBI و آفتابگردان گزارمان شدند. در بین۸۵۴۲۱ توالی تک ژن حاوی تکرارهای ریزماهواره، تعداد ۳۸۴۴۰ توالی تک ژن (۴۵ %) دارای دسته بندی کارکردی و همه ­ی تک ­ژن­ ها در ۵۲ دسته قرار داشتند. نتیجه گیری: در میان همه تک ژن های دسته بندی شده ۳۲۲۰ تک ژن ( ۶۵ درصد) به­ دسته "فرایند متابولیکی" متعلق بود که از میان آنها ۹۰ تک ژن (۳ %) به دسته "فرایند متابولیکی ثانویه" تخصیص داشت. معرفی این نشانگرها می­ تواند برای مطالعات آینده انتخاب به کمک نشانگر، تنوع ژنتیکی و ساخت نقشه­ های ژنتیکی در این گیاه دارویی مورد بهره­ برداری قرار گیرد.

کلیدواژه ها:

De novo ، Functional annotation ، Genetic variation ، Transcriptome ، ترنسکریپتوم ، تنوع ژنتیکی ، گزارمان کارکردی ، نوپدید