بررسی اثر مهاری پپتید CLF۳۶ مشتق شده از لاکتوفرین شتری بر مسیر پیام رسان NF-кB در محیط شبیه سازی شده مولکولی (In silico)

هدف از این مطالعه، بررسی اثرات مهاری لاکتوفرامپین- لاکتوفریسین شتری نوترکیب بر مسیر فاکتور هسته ای کاپا B (NF-кB) بود. این پپتید (CLF۳۶) که با مطالعه قبلی در آزمایشگاه بیوتکنولوژی گروه علوم دامی دانشکده کشاورزی دانشگاه فردوسی مشهد (شماره دسترسی بانک ژن: MH۳۲۷۷۶۸.۱) تهیه شده است. اثرات بازدارندگی این پپتید با شبیه سازی داکینگ مولکولی (In silico) ارزیابی شد. داده های پروتئین برای مسیر پیام رسان NF-кB از بانک داده های پروتئین (PDB) و UniProt جمع آوری شد. سپس، شبیه سازی برهم کنش (داکینگ) پپتید CLF۳۶ با مسیر پیام رسان NF-кB در بالادست، سایتوکین های پیش التهابی (مانند TNF-α و IL-۶) و در پایین دست، IKK-β وNF-κB-p۶۵  سیتوپلاسمی با استفاده از نرم افزار آنلاین  ClusPro ۲.۰انجام شد. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی بر اساس برهم کنش های مولکولی این پپتید با جایگاه فعال پروتئین های مسیر NF-кB نشان داد که ممکن است نقش تعدیل کنندگی و ضدالتهابی در فرآیندهای ایمنی را با اثر مهاری بر روی سایتوکین های TNF-α و IL-۶ در بالادست و IKK-β و NF-κB-p۶۵ در پایین دست مسیر پیام رسان NF-кB  داشته باشد. این نتایج مشابه با اثرات مهاری Infliximab،Camelid Fab، NEMO و GILZ بر روی مسیر پیام رسان NF-кB است. علاوه براین، این یافته ها ممکن است یک مبنای نظری برای مکانیسم های درمانی پپتید CLF۳۶ فراهم کند.