شناسایی مولکولی و تعیین جایگاه تبارزایی ویروس چروکیدگی توت فرنگی (Strawberry crinkle virus) از مزارع توت فرنگی استان کردستان بر اساس بخشی از ژن پلیمراز

چکیده علایم چروکیدگی و بدفرم شدن برگ در تعدادی از بوته­های توت­فرنگی در مزارع توت­فرنگی استان کردستان مشاهده گردید. با بررسی علایم این نمونه­ها احتمال داده شد که این علایم مربوط به آلودگی نمونه­ها به ویروس چروکیدگی توت­فرنگی (Strawberry crinkle virus, SCV) باشد و برای اطمینان با آزمون RT-PCR بررسی شدند. در کل، تعداد ۵۵ نمونه­ی برگی (دارای علایم و بدون علایم) طی تابستان ۱۳۹۶ از مناطق مختلف استان کردستان جمع­آوری و RNA کل با روش سیلیکا استخراج گردید و سپس cDNA آن­ها با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش­تایی ساخته شد. PCR با آغازگرهای اختصاصی SCVdeta و SCVdetb انجام و قطعه­ای به طول ۳۴۵ جفت باز از ژن پلیمراز SCV تکثیر گردید. نتایج RT-PCR نشان داد که ۹/۵۰ درصد از نمونه­ها آلوده به ویروس SCV بودند. به منظور بررسی مشخصات مولکولی و تبارزایی این ویروس، هفت جدایه بر اساس منطقه­ی جغرافیایی، رقم میزبان و نوع علایم انتخاب شده و تعیین توالی شدند. جدایه­های SCV توالی­یابی شده در این تحقیق به صورت یک زیرگروه مجزا در گروه تبارزایی اول قرار گرفتند. میانگین فاصله­ی ژنتیکی در بین جدایه­های توالی­یابی شده در این تحقیق در سطح نوکلئوتیدی ۰۰۵/۰ ± ۰۳۱/۰ و با سایر جدایه­های موجود در ژن بانک ۰۱۴/۰ ± ۰۶۹/۰ بود. مقایسه­ی دوبه دوی توالی­های نوکلئوتیدی نشان داد که بیشترین و کمترین تشابه نوکلئوتیدی به ترتیب میان جدایه SAr۶ با جدایه ۴MM از آرژانتین (۱/۹۵ درصد) و جدایه S۲۶ با جدایه HB-A۱ از هلند (۵/۸۶ درصد) وجود داشت.این اولین گزارش از شناسایی این ویروس در مزارع توت­فرنگی استان کردستان و اولین گزارش از ردیابی مولکولی این ویروس در ایران می­باشد.

کلیدواژه ها:

واژه­ های کلیدی: آغازگرهای اختصاصی ، استان کردستان ، فاصله ژنتیکی ، توت­فرنگی