آنالیز ساختار ژنتیکی جمعیت گاوهای بومی ایران با استفاده از نشانگرهای متراکم چندشکل تک نوکلئوتیدی
محل انتشار: مجله تحقیقات تولیدات دامی، دوره: 4، شماره: 3
سال انتشار: 1394
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: فارسی
مشاهده: 265
فایل این مقاله در 12 صفحه با فرمت PDF قابل دریافت می باشد
- صدور گواهی نمایه سازی
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_ARGU-4-3_009
تاریخ نمایه سازی: 1 اسفند 1401
چکیده مقاله:
این تحقیق با هدف بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی بر اساس استفاده از نشانگرهای چندشکل تکنوکلئوتیدی انجام شد. بدین منظور تعداد ۹۰ راس گاو از نژادهای سرابی (۲۰)، کردی (۱۰)، مازندرانی (۱۰)، تالشی (۱۰)، سیستانی (۱۰)، کرمانی (۱۰)، نجدی (۱۰) و توده بومی فارس (۱۰) مورد نمونهبرداری قرار گرفتند. تعیین ژنوتیپ نمونهها با استفاده از چیپ Illumina High density Bovine BeadChip با تراکم ۷۷۷۹۶۲ جایگاه انجام شد. پس از حذف جایگاههای دارای عدم تعادل پیوستگی (جفت جایگاههای دارای r۲ بالاتر از ۲/۰)، ۶۴۳۳۳ جایگاه SNP جهت آنالیزهای بعدی باقی ماندند. برنامه STRUCTURE جهت بررسی ساختار ژنتیکی گاوهای بومی کشور در این مجموعه داده به کار گرفته شد. تعداد جمعیتهای فرض شده در هر اجرا از دو تا هشت جمعیت در نظر گرفته شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که در اولین سطح خوشهبندی (۲K=)، جمعیتهای سرابی (۶/۹۷%) و کردی (۳/۹۴%) در خوشه مشترکی قرار گرفتهاند و نژاد سیستانی (۹۲%) نیز خوشه متمایز دیگری را به خود اختصاص داده است، در حالیکه سایر نژادها آمیختهای از این دو خوشه بودند. تعداد سه خوشه (۳K=) به بهترین شکل تعداد گروههای ژنتیکی موجود در مجموعه دادهها را توجیه کرد. وجود سه خوشه (۳K=) در دادهها موجب قرار گرفتن نژاد کردی در یک خوشه مستقل شد. در این مطالعه تفاوتهای ژنتیکی گاوهای بومی ایران به خوبی به وسیله دادههای متراکم SNP شناسایی شدند. همچنین شباهتهای مربوط به توزیع جغرافیایی و خصوصیات تولیدی گاوها نیز با روابط ژنتیکی یافت شده در این مطالعه انطباق داشتند.
کلیدواژه ها:
نویسندگان
کریم کریمی
دانشجوی دکترای ژنتیک و اصلاح نژاد دام، گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
استاد گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
مسعود اسدی فوزی
دانشیار گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان
مراجع و منابع این مقاله:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این مقاله را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود مقاله لینک شده اند :