بررسی صحت مدل های تک صفتی و چند صفتی ژنومی در حضور اثر متقابل ژنوتیپ و محیط

هدف از این تحقیق ارزیابی مدل­های حیوانی مختلف در سناریوهای متفاوت ژنومی جهت برآورد ارزش­ های اصلاحی ژنومی و تشخیص وجود اثر متقابل ژنوتیپ و محیط (G × E) بود. داده ­های ژنومی با تراکم ­های متفاوت جایگاه­های صفات کمی (۱۰۰ و ۵۰۰) و سطوح مختلف عدم تعادل پیوستگی (کم و زیادLD =) با تراکم K۱۰ برای ۳۰ کروموزم شبیه­ سازی شدند. صفتی در سه محیط مختلف با وراثت­پذیری­­های ۱۰/۰، ۲۵/۰ و ۵۰/۰ روی این ژنوم شبیه­سازی شد. در مرحله بعد، همبستگی ژنتیکی ضعیف (۴۷/۰) و قوی (۸۳/۰)  بین محیط سه (۵۰/۰h۲=) با محیط­های یک (۱۰/۰h۲=) و دو (۲۵/۰h۲=) ایجاد شد. نتایج نشان داد صحت پیش­بینی ژنومی با افزایش هر یک از عوامل سطح LD ، وراثت­پذیری و همبستگی ژنتیکی بین صفات افزایش یافت. استفاده از مدل چند صفتی نسبت به مدل تک صفتی باعث افزایش صحت پیش­ بینی ژنومی شد. صحت پیش­­بینی­های ژنومی هنگامی که ارزش های اصلاحی ژنومی حیوانات محیط سوم با استفاده از اطلاعات ژنومی خویشاوندانشان در محیط دوم برآورد شد بالاتر بود و بیش­ترین صحت پیش­بینی ژنومی (۴۲۲/۰) برای سناریو با تعداد پایین QTL و عدم تعادل پیوستگی بالا مشاهده شد. همچنین، با افزایش درصد حیوانات از ۲۵ به ۷۵ درصد، صحت پیش­بینی ژنومی افزایش یافت. به طور کلی در صورت وجود اثر متقابل G × E، سطح LD، نوع حیوانات موجود در جمعیت مرجع و همبستگی ژنتیکی بین محیط­های مختلف نقش مهمی را ایفا می­کنند. در نتیجه می­توان بیان کرد که با لحاظ کردن اثر متقابل ژنوتیپ و محیط، صحت پیش­­بینی ژنومی بیشتر و فهم بهتری از تنوع ژنتیکی صفات کمی حاصل می­شود.

کلیدواژه ها:

شبیه سازی ، صحت پیش بینی ژنومی ، عدم تعادل پیوستگی ، مدل حیوانی ، همبستگی ژنتیکی